[发明专利]一种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学技术领域，具体涉及一种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用。 

背景技术

奶业发展是一个国家畜牧业现代化的重要标志。近几年，经过奶牛产业工作者的不懈努力，我国奶牛产业的发展迅速，对于促进农民增收，改善国民身体素质，优化农业结构有重要意义。人均占有量少、奶牛单产量低、以扩充奶牛数量提高产奶总量的传统发展模式，仍是我国奶业发展面临的主要问题。因此，培育高产奶牛群体，奶牛养殖向数量与质量并重转变已成为我国奶牛产业发展的关键。只有提升我国奶牛群体的遗传水平，改善奶牛健康状况，提高奶牛产奶水平，才能使我国奶牛产业实现持续健康发展。 

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类遗传标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现形式有转换、颠换、插入和缺失等。 

测序、单链构象多态性聚合酶链式反应（PCR-single-strandconformation polymorphism,PCR-SSCP）、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应（PCR-restriction fragment lengthpolymorphism,PCR-RFLP）及飞行时间质谱等技术可以实现SNP的检测。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。 

飞行时间质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Timeof Flight，MALDI-TOF）是一种准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短的检测技术。其原理是利用样品分子在电场中的飞行时间与分子的荷质比成正比的原理，通过检测样品分子的飞行时间，测得分子量，实现区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因间分子量存在差异，因此运用该技术即可实现基因分型。飞行时间质谱（MALDI-TOF）平台已被广泛应用于生物技术领域，有统计显示超过95%的已验证SNP都能使用该平台进行分析和研究。 

分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良畜禽重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为家畜育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在家畜育种中的作用将日益突出。在奶牛的育种中，人们希望通过对与产奶性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。 

组氨酸解氨酶（Histidine Ammonia-lyase,HAL)是一种胞质溶胶酶，催化组氨酸代谢过程的第一步，即L-组氨酸的非氧化脱氨形成反式利尿酸。组氨酸解氨酶是催化哺乳动物组氨酸代谢的第一步限速酶，HAL基因的多态性变异可能改变组氨酸解氨酶的催化效率，影响动物体内组氨酸代谢。在中国荷斯坦奶牛群体中进行全基因组关联分析，发现HAL基因对产奶量和乳蛋白量的影响达到显著水平。HAL基因的多态性变异可能影响奶牛体内组氨酸的消化吸收，从而影响其产奶量、乳蛋白量等产奶性状。 

发明内容

本发明的目的是提供一种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用。 

本发明的目的是提供一种用于检测中国荷斯坦奶牛产奶性状及 体细胞评分的核酸片段，该核酸片段的序列如SEQ ID NO.1所示，第197bp位点处的碱基为G或A。 

本发明的目的是提供一种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记,所述SNP标记位于中国荷斯坦奶牛HAL基因如SEQ ID NO.1所示序列的197bp位点处，在SEQ ID NO.1序列中用n表示该处位点，且此处位点的碱基为G或A。197bp位点处碱基为G的中国荷斯坦奶牛的乳蛋白含量显著高于此处碱基为A的中国荷斯坦奶牛，而体细胞评分前者显著低于后者。 

本发明的另一目的是提供用于检测与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记的引物。 

本发明的用于检测所述SNP标记的引物，包括正向引物F：5’–GGCAACTACCTGAACCAA-3’和反向引物R：5’–CACCACCCTGTCAATCAA-3’，分别如SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3所示。