[发明专利]一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法

权利要求书

1. 一种分子体积计算方法，其特征在于，所述方法包括：

步骤（11），读入第一分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第一分子中每个原子的类型及其坐标数值；

步骤（12），根据第一分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第一分子中各原子的高斯球，每个高斯球的半径与相应原子的范德华半径相同，且每个高斯球的位置与相应原子的坐标相同；

步骤（13），计算每对高斯球组的叠合体积，其中第ij组高斯球组包括第i个高斯球和第j个高斯球，第ij组高斯球组的叠合体积为                                               ；

步骤（14），计算每个高斯球的权重，第i个高斯球的权重，为第i个高斯球的体积，k为一个常数；

步骤（15），计算第一分子的自身叠合体积为,以第一分子的自身叠合体积作为第一分子的体积，其中为第i个高斯球的权重，为第j个高斯球的权重，为第i个高斯球与第j个高斯球的叠合体积，A为第一分子所有高斯球的集合。

2. 根据权利要求1所述的分子体积计算方法，其特征在于，k的取值为0.5至1.0之间。

3. 一种两个分子形状的比较方法，其特征在于，所述方法包括：

步骤（31），系统读入第一分子和第二分子的三维结构信息，计算第一分子和第二分子的自身叠合体积，具体包括：

读入第一分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第一分子中每个原子的类型及其坐标数值；

根据第一分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第一分子中各原子的高斯球，每个高斯球的半径与相应原子的范德华半径相同，且每个高斯球的位置与相应原子的坐标相同；

计算第一分子中每对高斯球组的叠合体积，其中第ij组高斯球组包括第一分子中第i个高斯球和第j个高斯球，第一分子中的第ij组高斯球组的叠合体积为；

计算第一分子中每个高斯球的权重，第一分子中第i个高斯球的权重，为第一分子中第i个高斯球的体积，k为一个常数；

计算第一分子的自身叠合体积为,A表示第一分子所有高斯球的集合；

读入第二分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第二分子中每个原子的类型及其坐标数值；

根据第二分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第二分子中各原子的高斯球，每个高斯球的半径与相应原子的范德华半径相同，且每个高斯球的位置与相应原子的坐标相同；

计算第二分子中每对高斯球组的叠合体积，其中第ij组高斯球组包括第二分子中第i个高斯球和第j个高斯球，第二分子中的第ij组高斯球组的叠合体积为；

计算第二分子中每个高斯球的权重，第二分子中第i个高斯球的权重，为第二分子中第i个高斯球的体积，为一个常数；

计算第二分子的自身叠合体积为,B表示第二分子所有高斯球的集合；

步骤（32），计算第一分子和第二分子在多种叠合情况下的分子间体积，选择其中的最大值作为最大分子间体积；

步骤（33），根据第一分子的体积、第二分子的体积和最大分子间体积计算第一分子和第二分子的相似度，以相似度作为两个分子形状的比较结果。

4. 根据权利要求3所述的一种两个分子形状的比较方法，其特征在于:

所述步骤（32）的分子间体积为分子间叠合体积，具体包括：

计算第一分子和第二分子在多种叠合情况下的分子间叠合体积作为分子间体积，其中为第一分子中第i个原子与第二分子中第j个原子的叠合体积，选择其中的最大值作为最大分子间体积；

所述步骤（33）具体包括：

计算第一分子和第二分子的相似度，以相似度作为两个分子形状的比较结果。