[发明专利]利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法

说明书

技术领域

本发明涉及微卫星标记的应用，具体地说，涉及利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法。

背景技术

北京油鸡是北京地区特有的地方优良品种，肉质和蛋品优良，外貌别致，是列入《中国家禽品种志》的27种鸡种中宝贵的地方品种资源之一。北京油鸡现基本处于小规模保种状态，全国群体数量不超过6000只，曾一度濒临灭绝。2000年被农业部首批列入《国家级畜禽品种资源保护名录》。

目前鉴定家禽种群的方法主要是通过鸡种形态学标记和生产性能测定，具有一定的局限性，制约了地方鸡种的保存与开发。随着分子生物学技术的发展，从分子水平进行地方鸡种的品种鉴定已成为可能。微卫星DNA与其他遗传标记相比具有较大的优越性：数量多，分布广，呈共显性，遵循孟德尔遗传规律遗传方式，适合于进行高度自动化的分析等，已广泛应用于地方鸡种的研究，而且微卫星多态性很重要的一个应用就是种群鉴定。

发明内容

本发明的目的是提供一种利用微卫星(SSR)标记鉴定北京油鸡的方法。

为了实现本发明目的，本发明的一种利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法，其是以待测鸡的基因组为模板，以5’-TGCGGAGAGCAATTAGTCTGC-3’和5’-GGAAAACAATCACTGCCTCG-3’为引物，进行PCR扩增，根据扩增结果统计LEI0070基因座上各等位基因的频率，大小为201bp、205bp和207bp的3种等位基因频率之和在75％以上即鉴定为北京油鸡。

其中，PCR反应体系以50μl计为：

PCR反应条件为：94℃5min，95℃50s，55℃50s，72℃1min，共32个循环；72℃10min。

采用本发明方法鉴定北京油鸡具有操作简便、检测费用低廉和准确性高的特点。

具体实施方式

以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段，所用原料均为市售商品。

实施例1本发明SSR标记的获得

随机挑选北京油鸡原种100只和5个参照品种(京星黄鸡D2系、丝羽乌骨鸡、石岐杂鸡、仙居鸡、茶花鸡)的原种各40只鸡。北京油鸡种来源于中国农业科学院北京畜牧兽医研究所国家级保种场。公母比例1∶1。最终获得93只北京油鸡的基因组DNA和其他鸡种各40只鸡的基因组DNA。利用20对鸡特异性微卫星标记进行检测，其中19个微卫星位点的多态性不能将北京油鸡与其他种群区分开，只有LEI0070标记在北京油鸡保种群中的长度多态性具有特征性，可以将北京油鸡保种群与其他种群区分开来。即在北京油鸡保种群中，在该座位上共检测到7种等位基因(182bp、194bp、198bp、201bp，205bp、207bp、216bp)，其中有3种等位基因(201bp、205bp、207bp)占绝对优势，频率之和可达约86％(表1)。而在其他的5个品种中，这3种等位基因频率之和分别为低于50％或在50％左右。其中仙居鸡54.1％，石岐杂鸡54.2％，丝羽乌骨鸡37.5％，京星黄鸡D2系50.0％，茶花鸡41.0％。

表1北京油鸡保种群LEI0070基因座等位基因的频率

实施例2利用SSR标记鉴定北京油鸡的方法

1.1拟鉴定群体

随机挑选待检测鸡群40-50只鸡，公母比例1∶1，翅静脉采血，ACD抗凝，-20℃保存备用。

1.2DNA提取

采用常规酚仿法提取基因组DNA，溶于TE中，用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法双重检测DNA的纯度和浓度，然后稀释至浓度50ng/μl。

1.3引物

根据NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi？uid＝279930)中公布的鸡的特异性SSR引物(表2)：

表2本发明涉及的SSR引物

1.4PCR反应