[发明专利]一种检测RET基因融合的方法及其应用

权利要求书

1.一种检测待测样本中RET基因是否融合的方法，其特征在于，包括步骤：

(1)检测所述待测样本中RET基因转录本前部的相对表达量，记为PA₁，并检测RET基因转录本后部的相对表达量，记为PB₁，并计算两者的相对表达比率，记为P值：

(2)将待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值进行比较，其中，如果待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值存在显著差异，则表示待测样本中的RET基因存在融合；

较佳地，所述的P值为PB₁/PA₁。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括步骤：对P值存在显著差异的待测样品进行分析，从而确认RET基因的融合方式。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述RET基因未发生融合样本为：无肿瘤组织的正常样本，和/或没有RET基因融合的肿瘤组织样本。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)包括步骤：以cDNA样本为模板，用Real-Time PCR的方法，分别对RET基因转录本前部对应的cDNA序列和RET基因转录本后部对应的cDNA序列进行扩增，获得RET基因转录本前部的相对表达量和RET基因转录本后部的相对表达量。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的RET基因转录本前部对应的cDNA序列为：RET基因的第1外显子至第7外显子之间的cDNA序列；

较佳地，所述的RET基因转录本前部对应的cDNA序列如SEQ ID NO.：5所示。

6.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的RET基因转录本后部对应的cDNA序列为：RET基因的第12外显子至第19外显子5’端148bp之间的cDNA序列；

较佳地，所述的RET基因转录本后部对应的cDNA序列如SEQ ID NO.：6所示。

7.如权利要求4所述的方法，其特征在于，使用序列如SEQ ID NO.：1和SEQ ID NO.：2所示的引物对，对RET基因转录本前部对应的cDNA序列进行扩增；使用序列如SEQ ID NO.：3和SEQ ID NO.：4所示的引物对，对RET基因转录本后部对应的cDNA序列进行扩增。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的待测样品的P值与RET基未发生融合样本的P值存在显著差异为：待测样品的P值≥RET基因未发生融合样本的P值的2倍，较佳地≥4倍，更佳地≥8倍，最佳地≥10倍，其中所述的P值为PB₁/PA₁。

9.一种引物集，其特征在于，所述引物集至少包括两对引物对，在适当的扩增条件下，第一引物对具有扩增RET基因转录本前部对应的cDNA序列的能力；第二引物对具有扩增RET基因转录本后部对应的cDNA序列的能力。

10.如权利要求9所述的引物集，其特征在于，在适当的扩增条件下，第一引物对具有扩增RET基因的第1外显子至第7外显子之间的一段对应的cDNA序列(较佳地如SEQ ID NO.：5所示的序列)的能力；第二引物对具有扩增RET基因的第12外显子至第19外显子5’端148bp之间的一段对应的cDNA序列(较佳地如SEQ ID NO.：6所示的序列)的能力。

11.如权利要求10所述的引物对，其特征在于，第一引物对的序列如SEQ ID NO.：1和SEQ ID NO.：2所示；第二引物对的序列如SEQ ID NO.：3和SEQ ID NO.：4所示。

12.一种含有权利要求9所述引物集的试剂盒。

13.权利要求9所述的引物集或权利要求12所述的试剂盒的用途，其特征在于，用于检测待测样本中RET基因是否融合和/或确认RET基因的融合方式。