[发明专利]一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法

说明书

技术领域

本发明属于近交系小鼠品系鉴定与遗传质量检测领域，特别涉及一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法。

背景技术

实验动物的来源与纯度对实验结果具有重要影响，近交系小鼠遗传质量监测与品系鉴定的高通量基因分型平台亟待建立。目前分子遗传标记有很多种，但多数不适用于大规模基因组研究。通过C57BL/6完整基因组序列和其他近交系小鼠序列对比已发现了大量的SNP信息。SNP数量庞大，而且能降低基因分型成本，数以万计的SNP在小鼠品系间被发现，作为遗传标记用于小鼠的基因分型和QTL分析。二元性遗传标记单核苷酸多态性位点(single nuclear polymorphism point，SNP)在染色体上的分布具有相对均一性且密度高，具有高通量，可自动化操作，费用相对低廉的特点，可应用在大规模基因组的遗传质量检测。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，该方法仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本。

本发明的一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，包括：

(1)从NCB上选取分型所用遗传位标，21条染色体上挑选2-3个SNP位点，分成四组；然后对位点用Primer3在线设计引物，引物大小为15-25bp，Tm值为60℃，GC％为60.0；

(2)将上述分成四组的SNP位点用软件设计探针，产物长度为75-125bp，组内各探针长度依次相差2个bp以上；

(3)进行多重PCR-LDR反应，退火温度从50℃至65℃，跨度为3℃，根据琼脂糖电泳和ABI377测序电泳结果，最终确定最佳的退火温度；

(4)以近交系为模板，在上述最佳退火温度下进行四组多重PCR-LDR反应，分析377分型数据，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监测与品系鉴定。

所述步骤(3)中的最佳的退火温度为56℃。

所述步骤(3)中的LDR连接产物用标准6％变性测序PAGE胶进行电泳，电泳在ABI 373A测序仪上进行，功率为30W，时间为1.5-2h，ABI377数据进一步用GenemapperID 3.2来进行基因分型。

有益效果

本发明的SNP分型方案，仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本，对其分型和研究具有重要意义，为近交系小鼠的鉴定和分型提供了一种新的方法。

附图说明

图1为45个SNP位点在小鼠基因组上的分布；

图2为同一模板DBA/2的四组377峰图；

图3为不同模板的第三组引物的377峰图。

具体实施方式

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。此外应理解，在阅读了本发明讲授的内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

实施例1