[发明专利]一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法

权利要求书

1.一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，包括：

(1)从NCB上选取分型所用遗传位标，21条染色体上挑选2-3个SNP位点，分成四组；然后对位点用Primer3在线设计引物，引物大小为15-25bp，Tm值为60℃，GC％为60.0；

(2)将上述分成四组的SNP位点用软件设计探针，产物长度为75-125bp，组内各探针长度依次相差2个bp以上；

(3)进行多重PCR-LDR反应，退火温度从50℃至65℃，跨度为3℃，根据琼脂糖电泳和ABI377测序电泳结果，最终确定最佳的退火温度；

(4)以近交系为模板，在上述最佳退火温度下进行四组多重PCR-LDR反应，分析377分型数据，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监测与品系鉴定。

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，其特征在于：所述步骤

(1)中的引物序列为：

(1)a1，产物长度199bp：

上游，5′-CACATCTGGGGCTCATCTG-3′；

下游，CTCATGGTTCTTGGCAGGAT；

(2)a2，产物长度125bp：

上游，5′-TCGATCTTTTGTAGCCTCTGG-3′；

下游，CAACAGCCCTTGACTCTCGT；

(3)a3，产物长度165bp：

上游，5′-ACTTGCATCTCCCTGTGAGG-3′；

下游，CCAGTGTTCGACTGGGATCT；

(4)a4，产物长度159bp：

上游，5′-AACATGTGGAAACTTTGAGACG-3′；

下游，CTGACAGTCATGGGTGTTCCT；

(5)a5，产物长度110bp：

上游，5′-GAAAAAGAAGCTCGCTGTCC-3′；

下游，GCTGAGTTTAACATTTTCCCACTG；

(6)a6，产物长度158bp：

上游，5′-ATGAAACAGCATTGACTCTGG-3′；

下游，AGCGGGTTAAATGACTTCACA；

(7)a7，产物长度173bp：

上游，5′-GCTAGAGGAGTCGGCTCTGA-3′；

下游，ACGTAGCAAAGGCAGAAGGA；

(8)a8，产物长度112bp：

上游，5′-TGTGGTGGTGTGCATCTGTA-3′；

下游，GACCTCTCATTGGCTTGGAG；

(9)a9，产物长度183bp：

上游，5′-TCAGTCTCCAAAGATCACCTACT-3′；

下游，AAGTCAGTTACCACATGCAAGC；

(10)a10，产物长度173bp：

上游，5′-GCAAAACGAAACAGCAAACA-3′；

下游，TCACTGTCCCCAATTTCCTC；

(11)a11，产物长度122bp：

上游，5′-CTGATTTGGCTTTGTGAGTAGC-3′；

下游，ATTTATGCCAGTTGCCCAAT；

(12)a12，产物长度174bp：

上游，5′-AGAACTGAGGATACAGCCATGA-3′；

下游，AGGATGCCCGTGATGAGTAT；

(13)b1，产物长度225bp：

上游，5′-GGAATAACAGCCAGTAGAGCTGA-3′；

下游，TCAATAGCTGGTCCTGGAGTG；

(14)b2，产物长度147bp：

上游，5′-AATGGGCAATACGAAGCAAG-3′；

下游，CATGTGCAGGGCAGATTTTA；

(15)b3，产物长度158bp：

上游，5′-GCCATGCACCTTGAAAAGTT-3′；

下游，TGCACTGGACAGAGGTTTTG；

(16)b4，产物长度102bp：

上游，5′-TGTTCACGCTAGTGCAGCTC-3′；

下游，ACCAGGAGCCTGACCTTACC；

(17)b5，产物长度122bp：

上游，5′-GGCCTGGCAGTACAAGAATC-3′；

下游，GAGCCTCTTGCTTGGTTGTC；

(18)b6，产物长度148bp：

上游，5′-GCATTTTGCTCACTCACCAC-3′；

下游，CCCCTCACACATGCCTAAGT；

(19)b7，产物长度144bp：

上游，5′-GGTGTTCTTCTGTTGCTGTGG-3′；

下游，CCACCACAAGTGGTCTCTCA；

(20)b8，产物长度110bp：

上游，5′-TGTGGGTCTTATCCATTGAGG-3′；

下游，CCATTTCATGGTCTCAAACAGA；

(21)b9，产物长度112bp：

上游，5′-TGGACCCTCTTATCTCCTTTATG-3′；

下游，TGAAAGCCTTGTCTGTTAGCAA；

(22)b10，产物长度105bp：

上游，5′-CCCTTTTTCCTATGATGATGTG-3′；

下游，CCTTGCATAGAAGCCCATTG；

(23)b11，产物长度174bp：

上游，5′-TCCTCGCTTACACTCAGAGC-3′；

下游，AGGAGAAGTGCTGGCAGAGA；

(24)b12，产物长度167bp：

上游，5′-CCCACAGGCACTAGAGAATGA-3′；

下游，GTTTTCTGCTAGGATATTTGACACC；

(25)c1，产物长度138bp：

上游，5′-TCCAGAAAGGAAGAGCACTGA-3′；

下游，AGCTCGTCTGTGGATGTGTG；

(26)c2，产物长度145bp：

上游，5′-TTTGCTGTTGGAAACTGTGC-3′；

下游，TTGACTGCCCTGGTTTTAGG；

(27)c3，产物长度152bp：

上游，5′-TTGCAGGCTATGTGTATTCCA-3′；

下游，TGTGCTTTCTGCTCCTTAGTTTC；

(28)c4，产物长度144bp：

上游，5′-CAATGATGCCAGGTTTCTCA-3′；

下游，TCTCAAATCTGTGCTTTCTGCT；

(29)c5，产物长度133bp：

上游，5′-GGATGCCAACCTCTGACCT-3′；

下游，ACATCTGCCATCTCCTGCTT；

(30)c6，产物长度168bp：

上游，5′-CTCCAGTCCCAAGGGAAAGT-3′；

下游，TCATACCCAACCCATTCAAGA；

(31)c7，产物长度105bp：

上游，5′-GCACCCAAAGGCTCTTGTAA-3′；

下游，GGCTTCTGAGTGGAAGATGC；

(32)c8，产物长度131bp：

上游，5′-GAAGCCAGAGGCTGTCTCAC-3′；

下游，TGTCATCACGCTGAATCTCC；

(33)c9，产物长度182bp：

上游，5′-GGTGTGCATGACTTTCTCTTCA-3′；

下游，CCGACTAAAAACACCATCTTTTCC；

(34)c10，产物长度146bp：

上游，5′-AGCCCCAGCTTCTGACATAG-3′；

下游，TGACAGGAATGGATGCTTCA；

(35)c11，产物长度108bp：

上游，5′-AAGAGCACCAGGAATGACCT-3′；

下游，CAGTGTCTAGAAGTGGGGTTTTG；

(36)d1，产物长度145bp：

上游，5′-GCCGACTTAGGAATTCTGTTTG-3′；

下游，CCATCCCAGGAAGCTACAAC；

(37)d2，产物长度133bp：

上游，5′-CAGGGTGGAGCAAAGAACAC-3′；

下游，ATGAGAAGGGCAAACACCAG；

(38)d3，产物长度141bp：

上游，5′-ATGCCATGCTCCTGAGAACT-3′；

下游，TGCAGACCCTGGACTTGTCT；

(39)d4，产物长度154bp：

上游，5′-CCAGCCAGCCTAGCCTACTT-3′；

下游，TTTGTGTGTGTGTGCCTGTG；

(40)d5，产物长度200bp：

上游，5′-GAGTCCATGCTATTTGATGTTTGAG-3′；

下游，CACATTGGTTCACAGGACAA；

(41)d6，产物长度204bp：

上游，5′-GGCCTTACAGCTACCATTTCC-3′；

下游，CACACTGGCTTCCTTCAACA；

(42)d7，产物长度160bp：

上游，5′-TGTGGACAGACAACTGAACCT-3′；

下游，TGTGCCACACTAAGCCTACAG；

(43)d8，产物长度155bp：

上游，5′-TGTAAATGTGAGCCCCAACA-3′；

下游，GCTTCCACAACCAAATGGATA；

(44)d9，产物长度113bp：

上游，5′-TGCAGGAGCTTGTAGAATGAAC-3′；

下游，CAGCCTATAGTAGTTTGCATCCTG；

(45)d10，产物长度144bp：

上游，5′-CCAAAAGGAATCCTCAGCAG-3′；

下游，AGCAAGAGATGCACCAGTGA。