[发明专利]一种良种奶山羊多基因聚合的选育方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，具体涉及一种良种奶山羊多基因聚合的选育方法，该方法应用PCR-SSCP和DNA测序技术检测被检个体催乳素受体(PRLR)基因和促黄体素beta亚基(LHβ)基因的单链DNA碱基突变多态性，通过分析高产奶山羊个体(F1代)多态性与产羔数的关系确定适宜的分子标记，分析高产奶山羊个体(F1)的不同基因型组合与产羔数之间的关系，并上溯亲代(F0代)，跟踪子代(F2代)，检测母羊个体的基因型组合与产羔数的关系，研究不同基因型在多胎性状形成中的贡献率，然后挑选高产个体的基因型组合，分析高产个体基因型组合形成的选配方式，再应用这些选配方式形成奶山羊多羔的多基因聚合良种核心群。

背景技术

多胎性状的选育是奶山羊育种的重要目标之一，多胎性状是由微效多基因决定的数量性状，遗传力很低(约为0.23左右)，常规育种手段在较短时期内难以取得明显进展，这在很大程度上限制了我国奶山羊养殖业的发展。随着动物基因组学的发展，大量的DNA分子标记已被开发和应用，动物基因组图谱绘制逐步完善，越来越多的具有重要经济意义的功能基因相继被挖掘出来，与山羊繁殖性状紧密相关的研究也取得很大进展。基因聚合(Gene pyramiding)是通过基因工程手段，将分散在不同品种或品系中的优良基因通过杂交、回交、复合杂交等手段聚合到同一个品种中。畜禽的大部分经济性状具有加性效应，基因表达呈累加作用，即集中到一个品种中的同效基因越多表达越充分。目前，国内外关于羊分子育种的研究主要集中在羊的分子标记检测及其与性状的相关性方面，对于基因聚合育种技术大多数仍然仅停留于概念上，对其理论的研究相对滞后。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。SNPs可以是两个或多个等位基因的多态，因此，通常所说的SNPs包括碱基的插入、缺失、插入/缺失以及重复序列拷贝数的变化。一个SNP表示在基因组某个位点上有一个核苷酸的变化，主要由单个碱基的转换(以一种嘧啶置换另一种嘧啶或一种嘌呤置换另一种嘌呤)以及颠换(嘌呤与嘧啶互换)所引起。具有颠换型变异的SNPs约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上，因为CpG(核苷酸对，其中G在DNA链中紧随C后)二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，根据它们在基因组中分布的位置可分为基因编码区SNPs(cSNPs)、基因周边SNPs(pSNPs)和基因间SNPs(iSNPs)等三类。总的说来，cSNP比较少，因为在编码区内的变异率仅占有周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。根据对遗传性状的影响，cSNPs又可分为两种：一种是同义cSNPs，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义cSNPs，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNPs的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响，尤其对于编码区突变来说，更可能会导致所编码的蛋白发生重大变化，从而影响它的功能的发挥。基因序列上碱基的插入/缺失突变，同样将导致所编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列改变，以致影响到蛋白的生物学功能，从而造成对个体的表现型具有重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。