[发明专利]一种分子标记在猪初生重性状关联分析中的应用

权利要求书

1.一种分子标记Alu I-RFLP在猪初生重性状关联分析中的应用，其特征在于下列步骤：

1)用人HPSE基因cDNA为信息探针，作同源序列筛选，获得同源性80％以上的表达序列标签(EST)，然后对EST进行拼接；提取猪肺脏组织总RNA并做cDNA第一链反转录；设计引物对，该引物对的正向引物为5’-AGCCAGGTGAGCCCGAGATG-3’，反向引物为5’-GCATCTGCTCGTGTTCCTAC-3’，用RT-PCR方法扩增猪HPSE基因的cDNA片段，PCR产物纯化克隆和测序，通过序列分析获得如SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列；

2)根据SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列设计引物对，该引物对的核苷酸序列如下所示：

正向引物：5′-GGATGAAGGCTGGTATTT-3′，反向引物：5′-TGGGATAAGGCAATACAG-3′，扩增猪基因组DNA，将PCR产物纯化克隆和测序，通过序列分析获得如下所述的核苷酸序列：

GGATGAAGGCTGGTATTTACATTGATGGATTTCAGTTAGGAGAAGATTTTATTGACTTGCACAAACTTCTAAGAAAATCRGCTTTCAAAAATGCAAAACTCTATGGTCCTGATATTAGCCAGCCTCGACGAAAGAATGCTGAGATGCTGAAGAGGTAAGAGTGAGAGGAAGCAGAACCACTTTTCTTAAAAATAATATTTTCCTGTGGTGGAGACTCCTCAACAAACCACCTAATATTAAACGATTTGCTGCCTGACTTGAAGGTTTACCAAAAGAGGAAACAGTGATTGGCTCAGAAGACCAAAGATTTTGTGACAAATGGCACCATGATAAAATTTGTTTCAGAATTAGGAAGTCTGTATTGCCTTATCCCA

上述序列中的R是A或G，导致Alu I-RFLP多态性；

3)检测目的基因HPSE mRNA在猪胎盘绒毛膜组织样中转录水平的表达，设计用于检测目的基因HPSE mRNA表达水平的引物对以及作为内参基因GAPDH的引物对，其核苷酸序列分别如下所示：

目的基因HPSE的引物对：

正向引物：5′GTTTGTCTCCCGCATACCTGA 3′，

反向引物：5′CAAGTCCAGTCCTGAGCAAT 3′；

内参基因GAPDH的引物对：

正向引物：5′ATCCCGCCAACATCAAAT3′，

反向引物：5′CACGCCCATCACAAACAT3′；

4)定位目的基因HPSE基因的mRNA在猪胎盘组织的表达位置；

5)应用PCR-RFLP方法对序列表SEQ ID NO：1的第80位碱基进行检测，然后对基因型与猪初生重性状进行关联分析。