[发明专利]用于检测HIV-1分化体及逆转录酶和蛋白酶区的重组体的系统和方法

权利要求书

1. 一种用于检测低频率出现的与逆转录酶和/或蛋白酶有关的一种或多种HIV序列变体的方法，所述方法包括以下步骤：

(a) 自HIV样品群中的多种RNA分子中产生cDNA物类；

(b) 由所述cDNA物类扩增多种第一扩增子以产生第一扩增子的扩增拷贝，其中各第一扩增子用能够从HIV分化体产生扩增子的核酸引物对扩增，所述HIV分化体包括分化体A、分化体B、分化体C、分化体D、分化体F和分化体G；

(c) 对第一扩增子的扩增拷贝进行克隆扩增以产生多种第二扩增子；

(d) 测定第二扩增子的核酸序列组成；和

(e) 检测第二扩增子的核酸序列组成中的一种或多种序列变体。

2. 权利要求1的方法，所述方法还包括以下步骤：

(f) 使检出的序列变体与HIV逆转录酶或蛋白酶相关变异关联。

3. 权利要求1的方法，其中：

已知HIV逆转录酶或蛋白酶相关变异与对抑制剂的抗性有关。

4. 权利要求1的方法，其中：

所述核酸引物对能够由包含两个分化体的重组体的重组体HIV分化体产生扩增子，所述分化体选自分化体A、分化体B、分化体C、分化体D、分化体F和分化体G。

5. 权利要求1的方法，其中：

所述多种扩增子包括6种扩增子。

6. 权利要求5的方法，其中：

用于扩增6种扩增子的引物对包括Ti13F Multi引物和Ti1R Multi引物；Ti2F Multi D-2引物和Ti2R Multi E-2引物；Ti13F Multi引物和Ti3R Multi B引物；Ti4F Multi D2引物和Ti4R Multi B引物；Ti5F Multi引物和Ti5R Multi B引物；以及Ti6F Multi引物和Ti6R Multi引物。

7. 权利要求5的方法，其中：

所述6种扩增子提供与逆转录酶和蛋白酶相关的HIV区的完全覆盖。

8. 权利要求7的方法，其中：

所述6种扩增子提供至少与逆转录酶和蛋白酶相关的HIV区的双重覆盖。

9. 权利要求1的方法，其中：

所述多种扩增子包括4种扩增子。

10. 权利要求9的方法，其中：

用于扩增4种扩增子的引物对包括Ti13F Multi引物和Ti3R Multi B引物；Ti4F Multi A引物和Ti5R引物；Ti5Fn引物和Ti2R引物；以及Ti6F Multi引物和Ti6R Multi引物。

11. 权利要求9的方法，其中：

所述4种扩增子提供与转录酶和蛋白酶有关的HIV区的完全覆盖。

12. 权利要求1的方法，其中：检出的序列变体在HIV病毒群中以1%或以下的频率出现。

13. 一种用于检测与逆转录酶和/或蛋白酶区有关的一个或多个HIV序列变体的试剂盒，其包括：用于扩增权利要求1的第一扩增子的多个核酸引物对。

14. 权利要求13的试剂盒，其中：

一个或多个引物对选自Ti13F Multi引物和Ti1R Multi引物；Ti2F Multi D-2引物和Ti2R Multi E-2引物；Ti13F Multi引物和Ti3R Multi B引物；Ti4F Multi D2引物和Ti4R Multi B引物；Ti5F Multi引物和Ti5R Multi B引物；Ti6F Multi引物和Ti6R Multi引物。

15. 权利要求13的试剂盒，其中：

一个或多个引物对选自Ti13F Multi引物和Ti3R Multi B引物；Ti4F Multi A引物和Ti5R引物；Ti5Fn引物和Ti2R引物；以及Ti6F Multi引物和Ti6R Multi引物。