[发明专利]一种用于检测猪Hokovirus核苷酸片段的引物和探针序列

说明书

技术领域

本发明属于动物病原微生物检测技术领域。具体涉及一种用于检测猪Hokovirus核苷酸的引物和探针序列。

背景技术

猪Hokovirus（PHoV）是2008年在香港新发现的一种猪细小病毒（Lau 等Identification of novel porcine and bovine parvoviruses closely related to human parvovirus 4. J. Gen. Virol. 2008, 89: 1840-1848），其与牛Hokovirus同属于Hokovirus亚型，两者都属于细小病毒属（Parvovirinae）。猪Hokovirus与人4型和5型细小病毒（PARV4/5）的亲缘关系非常接近。

猪Hokovirus虽然属于细小病毒属，但目前尚无其致病的报道，不过Lau等学者研究发现，在健康猪群和患病猪群猪的淋巴结、血清、肝脏、鼻拭子和粪便中都能检测出该病毒的存在，且感染率非常高，可达44.4%。从而，推测猪Hokovirus病毒可能会感染猪的大部分组织，而且由于在健康猪和患病猪中猪Hokovirus的感染率没有差异，所以该病毒是否会导致发病还需进一步的研究。同时研究者发现，猪Hokovirus与猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）发生混合感染的现象十分普遍，混合感染率在64%左右。

2010年，德国柏林的研究者Cornelia Adlhoch及其同事报道了猪Hokovirus在野猪中流行的研究（Adlhoch等 High prevalence of porcine Hokovirus in German wild boar populations. Virol. J. 2010, 7: 171）。该研究发现，在德国接受检测的野猪当中大约有三分之一携带猪Hokovirus。另外，研究学者对德国五个不同地区野猪中猪Hokovirus感染情况进行调查。在对收集的肝脏和血清样本进行分析之后发现，野猪中猪Hokovirus总体流行率非常高（32.7%，51/156）。而且他们发现，该病毒的流行率因地区而异，随年龄增大而升高。在1年龄以内的野猪当中，流行率为22%，但在成年野猪当中流行率上升为41%。对来自不同地区的三个分离株的两个接近全长的基因组和一个基因大片段进行了序列测定，并进行了遗传进化分析。结果表明，德国野猪Hokovirus的基因序列与香港分离株表现出非常近的亲缘关系，其推测是由于动物产品的贸易往来导致该病毒从香港传入德国。

到目前为止，人们对猪Hokovirus在除香港和德国以外的世界其它地方的存在与流行情况一无所知。而在2010年以来，我国大陆地区新发现了3种新亚型的细小病毒，分别为：猪博卡病毒（porcine bocavirus）、猪细小病毒4型（PPV4）和猪Cnvirus（Huang等Detection of a novel porcine parvovirus, PPV4, in Chinese swine herds. Virol. J. 2010，7: 333；Wang等Novel parvovirus sublineage in the family of Parvoviridae. Virus Genes. 2010，41: 305-308；Zhai等High prevalence of a novel porcine bocavirus in weanling piglets with respiratory tract symptoms in

发明内容

技术问题

本发明的目的是提供一种用于检测猪Hokovirus核苷酸片段的引物和探针序列。

技术方案

本发明采用以下技术方案：

1、一种用于检测猪Hokovirus核苷酸片段的引物对，其特征在于所述的引物对为：由序列为GCCTTTTCGGCGTTTAACC的上游引物HoVTF和序列为CGCGACGGAGGAATGG的下游引物HoVTR组成的引物对。

2、一种用于检测猪Hokovirus核苷酸片段的探针，其特征在于所述的探针HoVTM序列为CCAAATCAAAGTCTGTACGCCCGGC。

所述引物对和探针序列用于检测猪Hokovirus核苷酸片段的方法，包括：