[发明专利]由母本生物样品进行胎儿基因组的分析

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2009年11月5日提交的题目为“Fetal Genomic Analysis(胎儿基因组分析)”的美国临时申请第61/258567号、2009年11月6日提交的题目为“Fetal Genomic Analysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物样品进行胎儿基因组的分析)”的美国临时申请第61/259075号和2010年9月10日提交的题目为“Fetal Genomic Analysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物样品进行胎儿基因组的分析)”的美国临时申请第61/381854号的权益，并且是这些临时申请的非临时申请，通过引用将这些临时申请的全部内容并入本文，用于所有目的。

本申请还涉及2008年7月23日提交的题目为“Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Massively Parallel Genomic Sequencing(利用大规模平行基因组测序诊断胎儿染色体的非整倍性)”的美国申请第12/178,181号(代理人案号016285-005220US)、题目为“Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment(利用基因组测序与富集诊断胎儿染色体的非整倍性)”的美国申请第12/614350号(代理人案号016285-005221US)和同时提交的题目为“Size-Based Genomic Analysis(基于大小的基因组分析)”的美国申请(代理人案号016285-006610US)，通过引用将这些申请的全部内容并入本文，用于所有目的。

发明背景

本发明通常涉及基于母本样品分析胎儿基因组，更具体而言，涉及基于母本样品中基因片段的分析确定全部或部分胎儿基因组。

1997年，母本血浆中无细胞胎儿核酸的发现已为非侵入性产前诊断开启了新的可能性(Lo YMD et al Lancet 1997;350:485-487;和美国专利6,258,540)。这项技术被快速转化于临床应用，用于检测胎儿来源的、从父系遗传的基因或序列，例如用于胎儿性别确定、胎儿RhD状态确定和确定胎儿是否遗传了父系遗传性突变(Amicucci P et al Clin Chem 2000;46:301-302;Saito H et al Lancet 2000;356:1170;以及Chiu RWK et al Lancet2002;360:998-1000)。最近在该领域内的进展已经能够由母本血浆核酸分析进行胎儿染色体非整倍性如三体性21的产前诊断(Lo YMD et al Nat Med 2007;13:218-223;Tong YK et al Clin Chem 2006;52:2194-2202;美国专利申请2006/0252071;Lo YMD et al Proc Natl Acad Sci USA 2007;104:131 16-13121;Chiu RWK et al Proc Natl Acad Sci USA 2008;105:20458-20463;Fan HC et al Proc Natl Acad Sci 2008;105:16266-16271;美国专利申请2007/0202525;以及美国专利申请2009/0029377)。

有意义的近期进展的另一方面是利用单分子计数法如数字PCR进行单基因疾病的非侵入性产前诊断，在所述单基因疾病中，母亲和父亲二人均携带同一突变。这已经通过母本血浆中的相对突变剂量(RMD)分析得到实现(美国专利申请2009/0087847;Lun FMF et al Proc Natl Acad Sci USA 2008;105:19920-19925;以及Chiu RWK et al.Trends基因t 2009;25:324-331)。

然而，这些方法利用可能突变的现有知识来分析基因组的特定部分，因而不可能鉴定出潜在的或罕见的突变或遗传疾病。因此，期望提供能够利用非侵入性技术鉴定全部或部分胎儿基因组的新方法、系统和装置。

发明概述