[发明专利]由母本生物样品进行胎儿基因组的分析

权利要求书

1.确定怀孕女性的未出生胎儿的基因组的至少一部分的方法，所述胎儿有父亲和身为所述怀孕女性的母亲，并且所述父亲的父本基因组具有父本单倍型，所述母亲的母本基因组具有母本单倍型，所述方法包括：

分析获自所述怀孕女性的生物样品的多个核酸分子，其中所述生物样品含有母本核酸和胎儿核酸的混合物，其中分析核酸分子包括：

鉴定所述核酸分子在人类基因组中的位置；以及

确定所述核酸分子的各自的等位基因；

确定在多个第一基因座中的每一个处所述胎儿从所述父亲遗传的父本等位基因，其中所述母本基因组在所述多个第一基因座处为杂合的；

确定所述多个第一基因座的两个母本单倍型中的每一个；

基于所述核酸分子的确定的等位基因，计算机系统确定在所述多个第一基因座中的每一个处的各自等位基因的量；

比较在所述多个第一基因座中的多于一个基因座处的所述核酸分子的各自等位基因的相对量；以及

基于所述比较，确定在由所述多个第一基因座所覆盖的基因组的一部分处所述未出生胎儿从所述母亲遗传了两种母本单倍型中的哪一种。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述相对量包括所述核酸分子的大小分布。

3.如权利要求1所述的方法，其中基于所述来自生物样品的多个核酸分子的分析，确定所述多个第一基因座的两个母本单倍型中的每一个。

4.如权利要求1所述的方法，其中确定在所述多个第一基因座中的每一个处从父亲遗传的等位基因包括：

确定所述父本基因组的、为杂合的多个第二基因座，其中所述母本基因组在所述多个第二基因座处为纯合的；

鉴定所述多个核酸分子中在所述父本基因组中于所述多个第二基因座中的各个基因座处存在而在所述母本基因组中不存在的等位基因；

将遗传的父本单倍型鉴定为具有鉴定的等位基因的单倍型；以及

利用所述遗传的父本单倍型确定在所述多个第一基因座处从所述父亲遗传的等位基因。

5.如权利要求1所述的方法，其中确定所述多个第一基因座的两个母本单倍型中的每一个包括：

基于各自基因座处所述核酸分子的确定的各自等位基因的量，鉴定在所述多个第一基因座中的一个或多个处所述母本基因组的等位基因；

鉴定多个参照单倍型；以及

将所鉴定的所述母本基因组的等位基因与所述多个参照单倍型的相应基因座中的等位基因进行比较，以鉴定所述两个母本单倍型。

6.如权利要求5所述的方法，其中确定所述多个第一基因座的两个母本单倍型中的每一个还包括：

将所鉴定的所述母本基因组的等位基因与所述多个参照单倍型反复进行比较，直到唯一鉴定出所述两个母本单倍型中的每一个。

7.如权利要求1所述的方法，其中基于所述来自生物样品的多个核酸分子的分析，确定在所述多个第一基因座中的每一个处从所述父亲遗传的等位基因，并且其中确定在所述多个第一基因座中的每一个处从父亲遗传的等位基因包括：

确定所述胎儿基因组为杂合的而所述母本基因组为纯合的多个第二基因座；

通过以下方式确定在所述多个第二基因座中的每一个处从所述父亲遗传的等位基因：

确定在所述多个第二基因座的各个基因座处所述核酸分子的确定的各自等位基因的相对量；以及

将具有最小相对量的等位基因鉴定为在所述各个基因座处遗传的等位基因；

鉴定多个参照单倍型；

利用在所述多个第二基因座中的每一个处从所述父亲遗传的等位基因来确定从父亲遗传了哪种参照单倍型，确定的单倍型包括所述多个第一基因座；以及

根据确定为从所述父亲遗传的单倍型确定在所述多个第一基因座处从所述父亲遗传的等位基因。

8.如权利要求7所述的方法，其中确定从所述父亲遗传了哪种参照单倍型包括：

将确定为在所述多个第二基因座中的每一个处从所述父亲遗传的等位基因与所述多个参照单倍型的相应基因座中的等位基因反复进行比较，直到唯一鉴定出从所述父亲遗传的参照单倍型。