[发明专利]用于第二代高通量测序的核酸标签及其设计方法无效
| 申请号: | 201010590988.3 | 申请日: | 2010-12-15 |
| 公开(公告)号: | CN102115789A | 公开(公告)日: | 2011-07-06 |
| 发明(设计)人: | 陈军;柯才焕 | 申请(专利权)人: | 厦门大学 |
| 主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
| 代理公司: | 厦门南强之路专利事务所 35200 | 代理人: | 马应森 |
| 地址: | 361005 *** | 国省代码: | 福建;35 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 用于 第二代 通量 核酸 标签 及其 设计 方法 | ||
1.用于第二代高通量测序的核酸标签,其特征在于为:
A组,长度为5nt的8个标签:
A-Tag1:CTAGA;
A-Tag2:TGCAG;
A-Tag3:ACGTC;
A-Tag4:GATCT;
A-Tag5:CGTAC;
A-Tag6:TAGCA;
A-Tag7:ATCGT;
A-Tag8:GCATG;
B组,长度为5nt的8个标签:
B-Tag1:CTCTA;
B-Tag2:GCTAG;
B-Tag3:AGACC;
B-Tag4:TAGGA;
B-Tag5:CATAC;
B-Tag6:GTAGA;
B-Tag7:ACGTA;
B-Tag8:TAACG;
C组,长度为6nt的12个标签:
C-Tag1:CTGTCA;
C-Tag2:CAACGA;
C-Tag3:CCTGAT;
C-Tag4:GACAGT;
C-Tag5:GTCTTC;
C-Tag6:GGAACA;
C-Tag7:TCAGTG;
C-Tag8:TCGAAC;
C-Tag9:TGCCTT;
C-Tag10:AGTCAC;
C-Tag11:ACGTGT;
C-Tag12:ATTGCG。
2.如权利要求1所述的用于第二代高通量测序的核酸标签的设计方法,其特征在于包括以下步骤:
1)设计第1条标签序列,没有连续两个相同的碱基:
Tag1:CTAGA;
2)设计另3条标签,这4条标签标签对齐后,两两之间差异最大,即两两之间具有相同碱基的位置数为0:
Tag2:TGCAG;
Tag3:ACGTC;
Tag4:GATCT;
3)设计另4条标签,每条新设计的标签与前面4条标签对齐后,两两之间拥有相同碱基的位置数不超过2,每条路线都经过Tag1-Tag4标签;每条标签被同一路线踩到的位置不超过2个;Tag1-Tag4标签的每个位置均被踩到,且只被踩过1次,把每条路线经过的碱基按顺序连接起来,就是1条新的标签,由此获得4条新标签如下:
Tag5:CGTAC;
Tag6:TAGCA;
Tag7:ATCGT;
Tag8:GCATG;
4)计算标签两两之间具有相同碱基的位置数。
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