[发明专利]用于第二代高通量测序的核酸标签及其设计方法无效

专利信息
申请号: 201010590988.3 申请日: 2010-12-15
公开(公告)号: CN102115789A 公开(公告)日: 2011-07-06
发明(设计)人: 陈军;柯才焕 申请(专利权)人: 厦门大学
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68
代理公司: 厦门南强之路专利事务所 35200 代理人: 马应森
地址: 361005 *** 国省代码: 福建;35
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摘要:
搜索关键词: 用于 第二代 通量 核酸 标签 及其 设计 方法
【权利要求书】:

1.用于第二代高通量测序的核酸标签,其特征在于为:

A组,长度为5nt的8个标签:

A-Tag1:CTAGA;

A-Tag2:TGCAG;

A-Tag3:ACGTC;

A-Tag4:GATCT;

A-Tag5:CGTAC;

A-Tag6:TAGCA;

A-Tag7:ATCGT;

A-Tag8:GCATG;

B组,长度为5nt的8个标签:

B-Tag1:CTCTA;

B-Tag2:GCTAG;

B-Tag3:AGACC;

B-Tag4:TAGGA;

B-Tag5:CATAC;

B-Tag6:GTAGA;

B-Tag7:ACGTA;

B-Tag8:TAACG;

C组,长度为6nt的12个标签:

C-Tag1:CTGTCA;

C-Tag2:CAACGA;

C-Tag3:CCTGAT;

C-Tag4:GACAGT;

C-Tag5:GTCTTC;

C-Tag6:GGAACA;

C-Tag7:TCAGTG;

C-Tag8:TCGAAC;

C-Tag9:TGCCTT;

C-Tag10:AGTCAC;

C-Tag11:ACGTGT;

C-Tag12:ATTGCG。

2.如权利要求1所述的用于第二代高通量测序的核酸标签的设计方法,其特征在于包括以下步骤:

1)设计第1条标签序列,没有连续两个相同的碱基:

Tag1:CTAGA;

2)设计另3条标签,这4条标签标签对齐后,两两之间差异最大,即两两之间具有相同碱基的位置数为0:

Tag2:TGCAG;

Tag3:ACGTC;

Tag4:GATCT;

3)设计另4条标签,每条新设计的标签与前面4条标签对齐后,两两之间拥有相同碱基的位置数不超过2,每条路线都经过Tag1-Tag4标签;每条标签被同一路线踩到的位置不超过2个;Tag1-Tag4标签的每个位置均被踩到,且只被踩过1次,把每条路线经过的碱基按顺序连接起来,就是1条新的标签,由此获得4条新标签如下:

Tag5:CGTAC;

Tag6:TAGCA;

Tag7:ATCGT;

Tag8:GCATG;

4)计算标签两两之间具有相同碱基的位置数。

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