[发明专利]一种PDGFRA基因突变检测液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种PDGFRA基因突变检测液相芯片。

背景技术

胃肠间质瘤(gastrointestinal stroml tumor，GIST)是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤，其发病率有逐年增高的趋势。甲磺酸伊马替尼(格列卫)是一种分子靶向药物，用于治疗不能切除、或发生转移的恶性胃肠道间质肿瘤，在GIST的治疗中取得了非常好的疗效。伊马替尼的作用机制是抑制血小板衍化生长因子(PDGFR)受体的酪氨酸激酶，从而抑制由PDGFR导的细胞行为，体外实验显示伊马替尼可抑制GIST细胞的增殖并诱导其凋亡。尽管伊马替尼的疗效很好，却不可避免地出现了耐药的问题。研究中约15％的病人在服药2个月内发现原发耐药，还有获得性耐药的产生，其耐药产生的分子机制差异较大。另外，近2年随着治疗时间的延长，发现约50％本来治疗有效的胃肠道间质瘤病人在用药3年左右发生继发性耐药，这成为目前伊马替尼治疗GIST亟待解决的难题。

大多数GISTs存在c-KIT基因以及血小板源性生长因子受体PDGFRA基因突变，其中PDGFRA基因的突变大多发生于胃肠道外GIST(网膜、腹膜)，组织学形态以上皮及混合型细胞为多，并且生物学行为具有高度侵袭危险性，对预后有提示作用。其中发生在PDGFR基因外显子18上的突变D842V、DIMH 842-845缺失和IMHD 843-846缺失对伊马替尼耐药，而发存在外显子12的V561D突变则对伊马替尼敏感。因此，检测GIST患者PDGFRA基因突变情况可用于判断格列卫治疗能否有效，对于指导GIST患者的合理用药，具有重要的参考价值。

目前对PDGFRA多态性的检测产品主要有定量PCR、直接测序法、Pyrosequencing焦磷酸测序技术、DHPLC等，存在灵敏度低、样品易污染、假阳性率高、价格昂贵等缺点，同时由于检测通量的局限性，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的是提供PDGFRA基因突变检测液相芯片。该液相芯片可用于检测PDGFRA基因V561D、DIMH 842-845缺失突变、IMHD 843-846缺失突变、D842V的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种PDGFRA基因突变检测液相芯片，主要由以下组成：

(A)针对PDGFRA基因的突变位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对突变位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对V561D突变位点的SEQ ID NO.8～SEQ ID NO.9、针对DIMH 842-845del缺失突变和/或IMHD843-846del缺失突变的SEQ ID NO.10～SEQ ID NO.12、和/或针对D842V突变位点的SEQ ID NO.13～SEQ ID NO.14，所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.7；

(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.15～SEQ ID NO.21中的序列，所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；

(C)用于扩增具有V561D突变位点、DIMH 842-845del缺失突变、IMHD 843-846del缺失突变和/或D842V的突变位点的PDGFRA基因目标序列的扩增引物。

优选地，所述扩增引物为：针对V561D突变位点的SEQ ID NO.22～SEQ ID NO.23、和/或针对DIMH 842-845del缺失突变及IMHD 843-846del缺失突变和D842V突变位点的SEQ ID NO.24～SEQ ID NO.25。