[发明专利]分支杆菌的快速检测

权利要求书

1.检测样品中属于MTB复合群的分支杆菌的方法，所述方法包括：

(a)使所述样品与一对正向和反向寡核苷酸引物接触；

其中所述正向引物与位于分支杆菌散布重复单元(MIRU)重复元件内的靶核酸序列杂交；并且

其中所述反向引物与位于分支杆菌散布重复单元(MIRU)重复元件内的靶核酸序列杂交；

(b)延伸所述正向引物和反向引物以生成扩增产物；和

(c)检测所述扩增产物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述MIRU重复元件选自MIRU2重复元件、MIRU10重复元件、MIRU16重复元件、MIRU23重复元件、MIRU24重复元件、MIRU26重复元件、MIRU27重复元件、MIRU31重复元件和MIRU39重复元件。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述MIRU重复元件包括与选自SEQ ID NOs：1-24的核苷酸序列具有至少90％序列同一性的核苷酸序列，或其互补序列。

4.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述正向引物和所述反向引物为15-30个核苷酸长。

5.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述正向引物与靶核酸序列杂交，所述靶核酸序列包括与选自SEQ ID NOs：25-39的核苷酸序列的互补序列至少90％同一性的核苷酸序列。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述正向引物靶序列包括选自SEQ ID NOs：25-39的核苷酸序列的互补序列。

7.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述反向引物与靶核酸序列杂交，所述靶序列包括与选自SEQ ID NOs：40-46的核苷酸序列至少90％同一性的核苷酸序列。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述反向引物靶序列包括选自SEQ ID NOs：40-46的核苷酸序列。

9.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述正向引物包括与选自SEQ ID NO：47或48的核苷酸序列具有至少80％同一性的核苷酸序列、或包括其至少15个连续核苷酸的其片段。

10.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述反向引物包括与选自SEQ ID NO：49-51的核苷酸序列具有至少80％同一性的核苷酸序列、或包括其至少15个连续核苷酸的其片段。

11.根据任何前述权利要求所述的方法，其中：

(i)所述正向引物具有与选自SEQ ID NO：47或48的核苷酸序列至少80％的同一性，或具有包括其至少15个连续核苷酸的其片段；和

(ii)所述反向引物具有与选自SEQ ID NOs：49-51的核苷酸序列具有至少80％同一性的核苷酸序列、或包括其至少15个连续核苷酸的其片段。

12.根据权利要求5至11任一项所述的方法，其中所述正向引物和反向引物与位于相同分支杆菌散布重复单元(MIRU)重复元件内的靶核酸序列杂交。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述扩增产物为30-55个核苷酸长，优选为40-50个核苷酸长，最优选为约44个核苷酸长。

14.根据权利要求5至11任一项所述的方法，其中所述正向引物和所述反向引物与位于不同分支杆菌散布重复单元(MIRU)重复元件内的靶核酸序列杂交。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述扩增产物包括来自相同MIRU基因座内的两个或更多个邻近MIRU重复元件的核酸序列。

16.根据权利要求14所述的方法，其中所述扩增产物包括来自不同MIRU基因座内的两个或更多个MIRU重复元件的核酸序列。

17.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述正向引物和/或所述反向引物包括标记或标签。

18.根据任何前述权利要求所述的方法，其中标记或标签在引物延伸步骤期间掺入所述扩增产物中，并且其中所述扩增产物通过包括捕获所述标记或检测所述标签的方法进行检测。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述扩增产物包括生物素标记，并且其中所述检测步骤包括使所述样品与捕获所述生物素标记的扩增产物的链亲和素包被的磁珠接触。