[发明专利]奶山羊SCD基因的单核苷酸多态性及其检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及以奶山羊的功能基因的单核苷酸多态 性(SNP)作为分子遗传标记，特别涉及一种奶山羊SCD基因的单核苷酸 多态性及其检测方法。

背景技术

奶山羊是我国的主要的畜牧之一，但是现在面临着优秀奶山羊品种种源 不足和种群遗传品质较差的压力。传统的育种方法应用测试动物的表现型和 其亲代、祖代及其它亲属在小的动物模型中的遗传信息，设想性状受到许多 基因遗传差异的影响，每个基因对性状有相对较小的贡献，因此对性状的估 计不可避免有些偏差。分子遗传标记是近年来现代遗传学发展最快的领域之 一，新的方法正在不断涌现，已定位的标记基因数目与日俱增。这将为数量 遗传学提供分子水平信息，家畜育种也将跨入分子育种阶段。应用分子遗传 标记的现代育种技术是加快良种选育和提高种群遗传品质，从而增加奶山羊 的产奶量和改善乳品质的先进的有效的方法。

分子遗传标记辅助选择就是将现代生物技术与常规选择方法相结合，通 过对遗传标记的选择来间接选择控制某性状的数量性状位点(QTL)，使之 能够同时利用标记位点信息和数量性状的表型信息，更准确估计动物个体的 育种值，提高选择效率，加快育种进展。标记辅助选择主要经历了三个阶段： 第一阶段是家畜各性状间的遗传分析；第二阶段是蛋白质(酶)标记对数量 性状的标记阶段；第三个阶段是分子遗传标记阶段。随着分子标记技术日渐 成熟与丰富，使覆盖整个基因组的标记成为可能，通过与QTL间的连锁分 析，实现分子标记辅助选择的目标。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作为新的遗传标 记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。SNP是基因组 中存在的一种数量非常丰富的变异形式，占人类基因组中遗传多态性的90％ 以上。SNP与罕见的变异不同，通常在种群中频率等于或小于1％的此种变 异被称为突变，而只有频率大于1％时才被称为单核苷酸多态性。

目前，主要采用几种不同的方法来发现SNPs：DNA序列测定方法、 PCR-SSCP与DNA测序结合法、AS-PCR方法、PCR-RFLP法、TaqMam技 术与分子信标(Molecular Beacons)等。在这些SNP检测技术中，(1)DNA 序列测定法是最为准确的SNP检测方法，但是，其检测费用极其昂贵，且 需要有DNA测序仪等大型仪器，同时，在测序过程中需要非常熟练的技术 人员和经验，所以，DNA序列测定法不是一种应用于生产实际的理想SNP 检测方法；(2)PCR-SSCP与DNA测序结合法检测SNP可以适当降低检测 费用，但是，PCR-SSCP的实验过程比较长，操作比较繁琐，且实验过程中 存在假阳性问题，所以，也并非理想的SNP检测手段；(3)AS-PCR方法作 为一种新型的SNP检测方法，在未来的应用领域中具有非常广阔的前景， 但是，该方法需要设计特别的引物，且只能针对特定的基因位点，同时，检 测过程中还存在误检的概率，因此，目前不具有普遍应用的特点；(4)TaqMam 技术与分子信标(Molecular Beacons)都是在荧光能量转移(Fluorescence Resornance Energ Transfer，FRET)基础上建立起来的，利用荧光标记及仪器 达到检测目的。焦磷酸测序(Pyrosequencing)则是利用测序过程中可释放的焦 磷酸和酶类产生荧光，是不依赖平板胶或毛细管电泳、不依赖DNA的荧光 标记技术，很可能成为未来的主流技术。(5)RFLP-PCR方法是一种检测 SNP的有效技术，在发现SNP位点后引入限制性内切酶进行切割，然后进 行琼脂糖、聚丙烯凝胶电泳分析，就能准确地鉴别SNP位点。RFLP-PCR 方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了费用昂贵、繁琐操作、假阳 性的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。

硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)是酯酰去饱和酶超家族的成员，控制 饱和脂肪酸向不饱和脂肪酸转化的关键酶的含铁关键酶。它存在于内质网 上，可在与辅酶A相结合的饱和脂肪酸烃链(棕榈酰和硬脂酰)的Δ⁹位引 入双键形成单不饱和脂肪酸(棕榈油酰和硬脂油酰)。哺乳动物的硬脂酰辅 酶A去饱和酶主要存在于乳腺和肝脏中。通过硬脂酰辅酶A去饱和酶催化 形成的单不饱和脂肪酸可以转换为生物膜上的磷脂、甘油三酯和胆固醇。