[发明专利]一种利用限制性内切酶双酶切检测SNP的方法

说明书

技术领域

本发明涉及到基因组学和分子生物学中有机生物分子特别是核酸分子的质谱分析，具体是提供一种联合限制性酶切法和质谱法以检测单核苷酸多态性的方法，更具体地说，提供一种在基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)中对基因组单核苷酸多态性进行检测的方法。

技术背景

人类的遗传信息储存在基因组中，2002年国际合作项目人类基因组计划的最终完成，绘制出了人类基因组结构的精细图，为相关研究提供了参考序列。人类基因组序列共由30亿个位点组成，研究表明，任意两个人之间的基因组差异在0.1％左右，即大约300万个位点的差异。这些差异极有可能是造成两个人之间个体差异的遗传因素。发现这些位点，可广泛地应用于遗传标记的研究、评估个体遗传关系、评估物种进化等研究领域。

在人类基因组中，约90％的差异是以单个核苷酸的形式体现出来的，这样的差异位点被称作单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)。SNP具有两个显著的特点：一是数目众多，据估计人类基因组中的SNP数目约在1100万左右，目前国际数据库dbSNP中已收录来源于人类基因组的SNP达1083万，其中经过确认的为644万(截至2007年8月22日)，如此大量的SNP方便了研究这选择合适的位点进行研究，也使得绝大多数基因组区域在SNP效力的覆盖范围内；另外一个特点是SNP位点大多数为双态，即在一个位点上仅有两种表现形式(基因型)，这样很容易就能设计出高通量自动化的检测方法。正因为这两个特点，使得SNP位点越来越受到研究者的青睐，被誉为是继限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)和短串联重复序列(short tandem repeat，STR)之后的第三代分子标记物。人类基因组计划完成前后，基因组学研究的重点逐渐转向SNP领域，因此，SNP在遗传标记学、生物群体遗传学、生物分类学、遗传育种学、物种或人类进化学、法科学、药物基因组学等领域都有重要的应用。

例如，SNP的丰富性和双等位基因特性使作物或家畜遗传作图更加精细，使得育种工作者能够更精确的进行标记辅助选择(MAS)和标记辅助导入(MAI)，降低或消除了目的基因之外的遗传背景对这些技术带来的不良影响，同时也给品种资源和品种纯度鉴定带来崭新局面。姜运良等人通过对3种“双肌臀”猪品种的肌肉生长抑制基因3个不同位点进行分析，获得肉质提高的新品种。Monna等人利用SNP标记技术成功地将水稻半矮杆基因sd-1图位克隆，Shen等人构建了水稻全基因组SNP数据库，并成功地筛选多个水稻功能基因。

例如，不同个体中存在的SNP差异，成为了法科学中身份鉴别的有力工具。Gabirel等人对105个样本的线粒体HVI/HVII区域的SNP进行分析，并用途分析了实际案例中毛发和骨骼等检材，证明了该方法用于法医检案是可行的。李莉、李成涛等人对人HLA-DR基因的SNP进行检验，在应用于亲子关系鉴定的25个案例中，成功率达到96％。