[发明专利]编码的多重粒子的比较基因组杂交

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求下述申请的优先权：于2005年12月23日提交的美国申请序 号60/753,584；于2005年12月23日提交的美国专利序号60/753,822；于2006 年2月3日提交的美国专利序号60/765,311，和于2006年2月3日提交的美 国专利序号60/765,355，上述每个申请的内容通过引用并入本文。

背景

比较基因组杂交(CGH)是评价基因组内容物(genomiccontent)的方法。例 如，可以使用CGH分析先天性异常、遗传疾病和癌症。

概述

我们已经发现使用编码的粒子平行地评价多个样品，从而评价基因组内 容物的方法。在一些实施方案中，可以通过平行地评价来自未知样品的DNA 和参比DNA，来检测基因组内容物中的差别，例如，无需将用于分析的DNA 与参比DNA组合成单一的混合物。用于分析的DNA和参比DNA保持彼此 分离。例如，可以用单一标记评价多个样品。在其它一些实施方案中，通过 比较相同混合物中用于分析的DNA和参比DNA，使用单一的检测标记检测 基因组内容物的差别。例如，用于分析的DNA和参比DNA可具有不同的直 接或间接标记。还可以使用本方法评价其它核酸，例如，mRNA，如用于基 因表达分析中。

在一个方面，本公开的特征在于评价基因组DNA的方法。本方法使用混 合物，其包括来自不同粒子集的粒子。每个粒子集包含大量的编码的粒子， 和用于特定基因组基因座的核酸杂交探针，使得所述混合物共同地包括用于 多个不同基因组基因座的探针。该方法可以包括：提供基因组DNA样品和粒 子混合物；在杂交条件下将样品与部分粒子混合物接触；和通过监测可检测 标记，在混合物的各个部分评价样品与粒子的杂交。监测信号表示每个需要 研究的(interrogated)基因组基因座的拷贝数。

可以提供多于一个的核酸样品(例如，包括基因组DNA的样品)。例如， 可以根据本发明评价每个核酸样品。可以在不同的腔室(compartment)内评价 样品。在一些实施方案中，可以在同样的腔室内评价多于一个DNA样品。

在一些实施方案中，可以用光谱法检测可检测标记。例示性的可检测标 记可以包含藻红蛋白或其它荧光分子。

在一些实施方案中，核酸杂交探针包括或源自克隆的核酸。例如，核酸 杂交探针可以包含来自细菌人工染色体(BAC)的核酸。BAC核酸可以包含人 基因组DNA的片段或非人(例如，小鼠、大鼠、兔、豚鼠、仓鼠、羊、牛、 狗、猫、马、鸟、爬行动物、非人灵长类(例如，猴或狒狒)，或苍蝇)基因组 DNA的片段。

在一些实施方案中，核酸杂交探针可以包含对特定的染色体基因座具有 特异性的一个或多个寡核苷酸(例如，寡核苷酸的集合)。例如探针可以对彼此 为50、20、5、2、1或0.5百万碱基(megabases)之内的序列具有特异性。

在一些实施方案中，例如，可以使用至少2、5、10、20、50、100或200 个不同的粒子集，来评价不同的基因组基因座各自的数目。在一些实施方案 中，粒子集中所有编码的粒子可以具有同样的编码(code)。在其它实施方案中， 每个粒子具有唯一的编码，并储存信息，指示哪个粒子在哪个粒子集中或哪 些探针附接于每个粒子。

在一些实施方案中，多个样品中至少一个样品可为参比样品，其中每个 需要测定的基因组基因座的拷贝数已知。方法可以包括，将参比样品的监测 信号与其它样品的信号进行比较，以确定样品中每个需要测定的基因组基因 座的拷贝数。

在一些实施方案中，当提供多于一个的DNA样品时，将每个样品用第一 间接标记来标记，并可将每个样品与用第二间接标记来标记的参比DNA组 合。参比DNA可为来自参比来源、每个需要测定的基因组基因座拷贝数都已 知的基因组DNA。例如，第一间接标记可以是荧光素，而第二间接标记可以 是生物素。