[发明专利]编码的多重粒子的比较基因组杂交

权利要求书

1.评价基因组DNA的方法，所述方法包括：

提供多个DNA样品，其中所述多个DNA样品中的至少一个是参比DNA 样品，其对于每个需要测定的基因组基因座包含已知的拷贝数，而且所述多 个DNA样品中的至少一个是未知基因组内容物的基因组DNA样品；

提供粒子混合物，所述混合物包含来自不同粒子集的粒子，其中每个粒 子集包含大量编码的粒子，其中集中的每个粒子包含：(i)相同编码和(ii)用于 特定基因组基因座的核酸杂交探针，其中每个不同的粒子集对于不同的基因 组基因座是特异性的，使得所述粒子混合物共同地包括用于大量不同基因组 基因座的探针，其中利用克隆的核酸或BAC核酸产生每个核酸杂交探针；

用可测定的标记来标记至少一个基因组DNA样品和至少一个参比DNA 样品；

在杂交条件下将每个标记的样品与一部分粒子混合物接触以提供参比 DNA粒子混合物和基因组DNA粒子混合物；

在混合物的各个部分中，通过监测(i)所述编码粒子的编码和(ii)可测定的 标记来评价每个标记的基因组DNA样品和标记的参比基因组DNA样品与粒 子的杂交，其中可测定的标记的监测信号表示每个需要测定的基因组基因座 的拷贝数；和

将由与所述参比DNA粒子混合物和所述基因组DNA粒子混合物中相同 的基因组基因座杂交的探针产生的信号进行比较，以确定所述基因组DNA样 品中存在的两个或多个不同的基因组基因座的拷贝数。

2.权利要求1的方法，其中使用单一的可测定的标记。

3.权利要求1的方法，其中可通过光谱检测所述可测定的标记。

4.权利要求3的方法，其中所述可测定的标记包含藻红蛋白。

5.权利要求1的方法，其中所述BAC核酸包括人基因组DNA的片段。

6.权利要求1的方法，其中所述BAC核酸包括非人基因组DNA的片段。

7.权利要求1的方法，其中所述核酸杂交探针包含对特定的染色体基因 座具有特异性的寡核苷酸集合。

8.权利要求1的方法，其中使用至少20个不同的粒子集来评价至少20 个不同的基因组基因座。

9.权利要求1的方法，其中所述多个DNA样品中至少一个样品是参比 样品，每个需要测定的基因组基因座的拷贝数已知，而且所述方法包括将参 比样品的监测信号与其它样品的信号进行比较，以确定样品中每个需要测定 的基因组基因座的拷贝数。

10.权利要求1的方法，其中每个基因组DNA样品用第一间接标记做标 记，而且每个样品与用第二间接标记做标记的参比DNA组合。

11.权利要求10的方法，其中参比DNA是来自参比来源的基因组DNA， 其每个需要测定的基因组基因座的拷贝数已知。

12.权利要求10的方法，其中第一间接标记是荧光素，而第二间接标记 是生物素。

13.权利要求1的方法，其中所述评价包含(i)将包含单一标记和与第一间 接标记结合的物质的第一组成部分与所述基因组DNA样品的第一部分结合， 和(ii)将包含单一标记和与第二间接标记结合的物质的第二组成部分与所述 基因组DNA样品的第二部分结合。

14.权利要求13的方法，其中所述第一组成部分包含抗生蛋白链菌素和 藻红蛋白，而所述第二组成部分包含抗荧光素和藻红蛋白。

15.权利要求1的方法，其中每个参比DNA样品和每个基因组DNA样 品存在于多腔室设备中不同的腔室中。

16.权利要求15的方法，其中每个参比DNA样品和每个基因组DNA样 品在多孔板中不同的孔中。

17.权利要求1的方法，其中对于每个基因组样品，评价了来自每个不 同粒子集的至少100个粒子。

18.权利要求1的方法，其中在多个不同染色体基因座的杂合性是可检测的。