[发明专利]一种基于转座子的新型遗传标记

说明书

发明背景

(a)  发明领域

本发明涉及一种对核酸序列进行基因分型的方法，该方法使用一对引物进行扩增，其中第一引物具有与微型反向重复可转座元件(miniatureinverted-repeat transposable element，MITE)同源的DNA序列，第二引物与第一引物相同或不同。本发明总体上涉及将MITE引物用于指纹分析或连锁研究。

(b)  现有技术

在McClintock(McClintock B.1946.玉米遗传学.Camegie Inst. Wash.年报45：176-186；和McClintock B. 1947.玉米和链孢霉属的细胞遗传研究.Camegie Inst. Wash.年报46：146-152.)发现可转座元件Ac/Ds系统后，对新的可转座元件系统(家族)的遗传鉴定成为植物(Peterson P. A. 1986.玉米中的可移动元件.Plant Breeding Reviews 4：3-122.)及其它生物遗传学研究中的热点领域。随后是对可转座元件的分子鉴定及开发利用这些元件作为基因鉴定和分离的工具，尤其是在用果蝇中的copia逆转录转座子克隆出white位点(Bingham P. M.，R. Lewis and G.M. Rubin 1981.用一种新的通用方法克隆，黄猩猩果蝇white位点的DNA序列。Cell 25：693-704.)，以及对玉米转座元件Ac(Pohlman R.F.，N.V. Fedoroff and J.Messing 1984.玉米控制元件激活剂(Activator)的核苷酸序列。Cell 37：635-643.)和En/Spm(Pereira A.，Zs.Schwarz-Sommer，A.Gierl，I.Bertram，P.A. Peterson and H. Saedler 1985，玉米(Zea mays)中增强子(En)转座元件系统的遗传学及分子分析。EMBO J.4：17-25.)的分子鉴定之后。从此以后，转座元件相关的研究成为生物科学的一个聚焦点。

同生物研究的其它领域一样，现代计算机技术加速了对可转座元件的鉴定。Bureau等(Bureau T.E.，P. C.Ronald，and S.R. Wessler 1996.一种基于计算机的系统调查显示在野生型水稻基因中存在大量小分子反向重复元件。Proc. Natl. Acad. Sci.93：8524-8529.)采用该方法鉴定出一种新转座元件家族的大量成员。这些元件同传统DNA介导型转座元件因都具有末端反向重复(TIR)而相似(与通过RNA中间体介导转座的逆转录因子相反，Boeke J.D.，D.J.Garfinkel，C.A.Styles and G.R.Fink 1985.RNA中间体介导的Ty元件转座。Cell 40：491-500.)。但是同经典遗传学方法鉴定出的转座元件不同的是，这些元件比较小，没有明显的编码蛋白的能力。这些元件被称为微型反向重复可转座元件或MITE(Bureau等同上)。