本发明公开了可用于检测与喉癌相关的SHISA3基因启动子区甲基化程度的试剂盒及其应用,特点是该试剂盒包括一对SHISA3基因启动子区甲基化特异性扩增引物及一对非甲基化特异性扩增引物,其中甲基化特异性上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,未甲基化特异性上游引物序列如SEQ ID NO.3所示,下游引物序列如SEQ ID NO.4所示,优点是该诊断试剂盒可以方便快捷地在分子水平上实现对喉癌的检测,检测效率高,针对性强,同时,以SHISA3基因启动子区甲基化为靶点的药物有望成为喉癌辅助诊断、检测和筛选的一种新手段。