紫杉醇基因组重排菌株HDFS4-26及紫杉醇高产菌株的选育方法,它涉及一种紫杉醇基因组重排菌株及紫杉醇工程菌株的选育方法。它解决了目前可用于紫杉醇微生物发酵的菌株的紫杉醇产量仍然较低的问题。紫杉醇基因组重排菌株HDFS4-26为树状多节孢属于多节孢属,保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏日期为2008年2月28日,保藏号为CCTCC M 208026。紫杉醇高产菌株按以下方法选育:一、原生质体制备;二、原生质体的灭活;三、原生质体的融合;四、原生质体再生;五、基因组重排、筛选,即得到紫杉醇高产菌株。菌株HDFS4-26的紫杉醇产量为516.37μg/L。本发明紫杉醇高产菌株按以下方法选育简单,效果好,为提供高产紫杉醇的工业生产菌株奠定了基础。