本发明提供一种暗纹东方鲀快速生长相关的SNP位点与应用,所述的SNP位点位于核苷酸序列为SEQ ID NO:1的MSTN基因的第724位,其碱基为C或T。本发明提供的SNP位点用于选育具有快速生长潜力的暗纹东方鲀个体。本发明通过分析位点基因型频率与暗纹东方鲀生长性状的相关性,发现暗纹东方鲀的MSTN基因的724碱基处存在与生长性状相关的SNP位点,基因型为TT纯合型个体的体重、体长和体全长显著高于CC和CT基因型个体生长性状的表型值因此,生产中可优先选择该位点基因型为TT型个体作为亲本或者进行规模养殖。