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[发明专利]一种分子动力学仿真测试系统-CN202011155391.6在审
发明人：包建东;钟岗;王财勇 -专利权人：安徽众新电子科技有限公司
申请日： 2020-10-26 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子动力学仿真测试系统，具体涉及分子动力学技术领域，包括建立模块，用于建立分子动力学数据库和分子动力学仿真软件；所述分子动力学数据库储存于服务器中，且包含有各种分子动力学研究模型；预处理模块，对所述分子动力学数据库进行预设的连接处理，以实现所述分子动力学数据库与所述分子动力学仿真软件Materials Studio的通信连接；仿真测试模块，用于基于所述分子动力学仿真软件MaterialsStudio、所述分子动力学数据库，对所述分子动力学研究模型进行软硬件协同仿真测试。本发明可以确保数值计算可复现性，最大程度还原模拟过程，便于程序的移植、调试、验证和确认。
一种分子动力学仿真测试系统

[发明专利]一种多肽链自组装过程的分子动力学研究方法-CN201710316444.X有效
发明人：邓森;张志杰;钟明峰;穆彦 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2017-05-08 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明属于分子动力学研究领域，公开了一种多肽链自组装过程的分子动力学研究方法。所述方法为：构建用于分子动力学模拟的带电界面以及多肽链；然后搭建分子动力学模拟体系，采用Gromacs计算软件模拟所得体系中多肽链自组装过程，根据结果进行分子动力学研究。本发明借助分子动力学模拟，能够从原子尺度上观察多肽链的自组装过程，揭示带电界面对多肽链自组装的影响；且该方法对设备要求低、计算效率高，可研究物质在极端条件下的性质，并可同时获得系统的动力学与热力学信息。
一种多肽组装过程分子动力学研究方法

[发明专利]基于力学试验结果的分子动力学模型验证方法-CN202111678442.8在审
发明人：徐西鹏;林佳明;姜峰;田子歌;吴跃勤 -专利权人：华侨大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G01N3/08 文献下载
摘要：本发明公开了基于力学试验结果的分子动力学模型验证方法，包括：步骤一，建立基于力学试验的分子动力学仿真模型；步骤二，设置分子动力学仿真模型的模拟参数；步骤三，依据模拟参数采用分子动力学模拟方法计算并且输出模拟结果；步骤四，处理模拟结果的数据以获仿真结果；步骤五，将分子动力学的仿真结果与力学试验结果进行对比验证。它具有如下优点：基于力学试验的验证方法能充分反映材料物理性能，有助于验证分子动力学模拟准确性，对提高分子动力学模拟结果的可信度以及分子动力学技术的广泛应用具有重要意义。
基于力学试验结果分子动力学模型验证方法

[发明专利]分子动力学计算的实现方法和装置-CN201110403579.2在审
发明人：何牧君;何沧平;马少杰;陈伟;占杰;李斌;吴宏文;顾小宝;曹征 -专利权人：曙光信息产业股份有限公司
申请日： 2011-12-06 - 公布日： 2013-06-12 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子动力学计算的实现方法和装置，该方法包括：接收用户通过图形化界面输入的计算任务；将计算任务中需要计算的数据分配给图形处理器GPU和中央处理器CPU；GPU和CPU根据分子动力学的计算方法，对各自分配到的需要计算的数据进行分子动力学计算。本发明通过提供可视化界面方便用户输入任务，并将分配的任务交由CPU和GPU共同完成，实现了计算系统的异构，并且能够有效提高计算的速度，使分子动力学的计算方案得到有效完善。
分子动力学计算实现方法装置

[发明专利]一种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法-CN202010454509.9有效
发明人：刘昊;张志雨;徐锡明 -专利权人：中国海洋大学
申请日： 2020-05-26 - 公布日： 2021-03-16 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法，属于药物分子动力学技术领域，所述方法包括以下步骤：1)分子动力学RMSD图像特征分析及提取；2)使用分子力学/泊松‑玻尔兹曼表面积法计算结合自由能及能量分解本发明方法通过RMSD图像、分子力学/泊松‑玻尔兹曼表面积法，使得药物分子动力学更加高效，精确。
一种基于 rmsd 特征药物分子动力学结果分析方法

[发明专利]基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法-CN202111678457.4在审
发明人：姜峰;林佳明;徐西鹏;田子歌;吴跃勤 -专利权人：华侨大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法，包括：第一步，建立分子动力学仿真模型；第二步，设置模拟参数；第三步，依据模拟参数采用分子动力学模拟的方法计算并且输出模拟结果；第四步，对输出模拟结果进行处理以获晶体缺陷；第五步，将分子动力学模拟的晶体缺陷与试验获得的透射电镜结果的晶体缺陷进行对比验证。它具有如下优点：基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法，可用于分子动力学模拟结果的检验，提升分子动力学仿真模型的准确性，提高分子模拟结果的可信度。
基于透射分析结果分子动力学模型验证方法

[发明专利]沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法-CN202211227146.0在审
发明人：谭忆秋;李冠男;刘爽;吕慧杰 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-09 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： G06F30/25 文献下载
摘要：沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法，本发明为了解决现有基于全原子模拟的分子动力学方法难以实现介观尺度的模拟研究等问题。建模方法：一、根据沥青三组分分子的化学特征建立沥青分子的粗粒化分子结构；二、根据粗粒化粒子类型计算沥青粗粒化分子动力学力场参数，粗粒化分子动力学力场UCG＝Unon‑bond+Ubond；三、沥青粗粒化分子动力学模型建模进行模型平衡。本发明以热力学与统计力学理论为基础，提出了改良的沥青粗粒化力场参数计算方法，获得了沥青粗粒化力场，有效扩展了沥青分子动力学研究尺度，实现了沥青微观结构有效表征，从而准确预测了沥青在不同温度下的微观结构。
沥青化分动力学建模微观结构分析方法

[发明专利]一种预测材料高温高应变速率下的应力应变曲线的方法-CN201910196780.4有效
发明人：郭晶;孟庆刚;杨天一;王亚芬 -专利权人：本钢板材股份有限公司
申请日： 2019-03-15 - 公布日： 2021-08-24 - 主分类号： G01N3/08 文献下载
摘要：本发明的一种预测材料高温高应变速率下的应力应变曲线的方法，包括步骤1：通过试验获取常温常压状态的宏观材料低速和高速拉伸试验数据，绘制应力应变曲线；步骤2：利用分子动力学方法模拟计算材料在常温下的应力应变曲线；步骤3：对比分子动力学方法计算的应力应变曲线与试验测试的应力应变曲线，若对比结果相差较大，调整分子动力学方法的仿真参数，重新计算，直到计算结果与试验结果相符，保存最佳的仿真参数；步骤4：调整温度和应变速率，在最佳的仿真参数条件下，利用分子动力学方法模拟计算材料在高温高速下的应力应变曲线。该方法应用分子动力学方法，能够模拟计算出不同温度、不同应变速率的材料应力应变曲线，大大降低了试验成本。
一种预测材料高温应变速率应力曲线方法

[发明专利]一种分子动力学软件的安装方法、装置、设备及可读介质-CN202011026277.3有效
发明人：王倩;刘羽 -专利权人：苏州浪潮智能科技有限公司
申请日： 2020-09-25 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： G06F8/61 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子动力学软件的安装方法，包括以下步骤：检测超算集群硬件架构并记录硬件信息，以及检测计算集群软件环境并记录软件信息；获取用户需求信息，根据需求信息判断是否依赖MPI并行模式和是否需要第三方数学库，并根据判断结果选择分子动力学软件；以及基于硬件信息、软件信息安装选择的分子动力学软件。本发明还公开了一种分子动力学软件的安装装置、计算机设备和可读存储介质。本发明帮助用户跨越计算机硬件与软件的专业壁垒，简化分子动力学软件的安装编译，最大限度的节约软件在集群的部署时间，提高实施人员的工作效率。
一种分子动力学软件安装方法装置设备可读介质

[发明专利]一种基于分子动力学模拟的纳米材料塑性模量计算方法-CN201610085828.0在审
发明人：葛江华;崔利兴;付岩;高强;马洪杰 -专利权人：哈尔滨理工大学
申请日： 2016-02-15 - 公布日： 2016-07-13 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于分子动力学模拟的纳米材料塑性模量计算方法，包括以下步骤:建立纳米线分子动力学仿真模型；设置仿真参数；采用分子动力学模拟方法计算并输出纳米材料的应力应变数据；将应力应变数据绘制出应力应变曲线本发明通过分子动力学模拟方法对纳米尺度下的塑性模量进行求解，既降低了计算费用，而且也提高了计算的精确度，同时相对于物理实验方法也提高了计算效率。
一种基于分子动力学模拟纳米材料塑性计算方法

[发明专利]一种基于神经网络的分子动力学计算芯片设计方法及系统-CN202210436539.6在审
发明人：刘杰;谭紫凌;赵卓影;廖天骄;莫平辉;赵丹;王潇男 -专利权人：湖南大学
申请日： 2022-04-25 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： G06F30/27 文献下载
摘要：本发明涉及人工智能和集成电路设计领域，公开了一种基于神经网络的分子动力学计算芯片设计方法及系统。本发明首先生成训练深度神经网络所需的体系特征数据集；接着训练一个深度神经网络模型来精确拟合原子间受力；将训练好的模型部署到非冯诺依曼架构的芯片中，既能保证预测原子受力的精度又加速了分子动力学计算；然后搭建一个分子动力学计算系统；进行分子动力学计算并保存每一步的原子轨迹，利用原子轨迹信息计算体系的其他宏观性质，具有计算精度高、计算速度快等特点。
一种基于神经网络分子动力学计算芯片设计方法系统

[发明专利]基于分子动力学的纳米尺度金刚石摩擦磨损过程模拟方法-CN202110253578.8有效
发明人：沈煜年;金春雷 -专利权人：南京理工大学
申请日： 2021-03-08 - 公布日： 2022-08-12 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于分子动力学的纳米尺度金刚石摩擦磨损过程模拟方法，属于摩擦学分子动力学方法研究领域，选取能够反应纳米尺度金刚石特性的势函数，设定系统弛豫与分子建模软件中分子动力学模拟的参数，通过分子动力学模拟软件计算纳米尺度金刚石在摩擦磨损过程中磨损量受温度的影响通过lammps计算并输出金刚石模型模拟的坐标文件，导入可视化软件进行可视化分析，并通过切面分析得到结构内部的信息。本发明能够采用分子动力学模拟纳米尺度金刚石在摩擦磨损过程中的微观结构变化和应力结果，并可视化观察结构破坏的过程。
基于分子动力学纳米尺度金刚石摩擦磨损过程模拟方法

[发明专利]一种计算分子动力学动态时间步长的方法-CN201210340172.4有效
发明人：解辉;刘朝 -专利权人：重庆大学
申请日： 2012-09-14 - 公布日： 2013-01-09 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：一种计算分子动力学动态时间步长的方法，具体计算步骤如下：1）计算每两个分子之间的距离的数值是否都大于截断半径r_c；2）计算每两个分子之间的相对速度；3）计算每两个分子之间运动到截断半径所需要的时间t(n)本发明的动态分子动力学模拟算法可以消除无效的计算步骤，加快了计算速度，节省了计算时间，使分子动力学模拟非聚集状态，扩展了分子动力学模拟的应用范围。
一种计算分子动力学动态时间步长方法

[发明专利]纳米磨削含缺陷的碳化硅的仿真方法和装置-CN202210665174.4在审
发明人：刘坚;艾天成;尹韶辉;李蓉 -专利权人：湖南大学
申请日： 2022-06-13 - 公布日： 2022-09-13 - 主分类号： G06F30/25 文献下载
摘要：本发明公开了一种纳米磨削含缺陷的碳化硅的仿真方法、装置、计算设备及存储介质，纳米磨削含缺陷的碳化硅的仿真方法在计算设备中执行，该方法包括：构建分子动力学模型，分子动力学模型包括含缺陷的碳化硅工件模型和用于对工件模型进行磨削的刀具模型；确定分子动力学模型的仿真参数；根据仿真参数，利用刀具模型对含缺陷的碳化硅工件模型进行磨削仿真，以得到仿真结果。该方法通过构建分子动力学模型来对含缺陷的碳化硅的纳米磨削机理进行研究，基于分子动力学思想，建立了合适的碳化硅纳米磨削仿真模型，具有成本低、参数可调控、柔性高等优势。
纳米磨削缺陷碳化硅仿真方法装置

[发明专利]一种基于分子动力学的生物活性玻璃结构及XRD计算的模拟方法-CN202110247229.5有效
发明人：陈晓峰;何闲;王刚 -专利权人：华南理工大学;佛山今兰生物科技有限公司
申请日： 2021-03-05 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于分子动力学的生物活性玻璃结构及XRD计算的模拟方法。该方法包括：编写脚本构建分子动力学模拟软件的数据文件，建立生物活性玻璃无定形结构的初始模型；选取生物活性玻璃的各原子之间相互作用力的势函数；通过分子动力学模拟软件运行计算，输出生物活性玻璃模型的原子坐标文件及本发明基于分子动力学理论，通过分子动力学模拟方法得到该玻璃原子层面的结构信息及计算得出XRD，弥补了实验研究无法实现原子级结构分析的不足，以深入分析生物活性玻璃结构、离子扩散、表面特征与生物活性之间的联系
一种基于分子动力学生物活性玻璃结构 xrd 计算模拟方法

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