本发明公开了大豆耐盐基因GmCBL3及其应用。大豆耐盐基因GmCBL3的cDNA序列如SEQ ID No.1所示。本发明首先克隆大豆耐盐基因GmCBL3;利过Gateway系统将GmCBL3基因进行BP反应连接到pDONR221,然后通过转化的方法在大肠杆菌DH5α中得到大量克隆,接着进行LR反应把此基因GmCBL3连接到表达载体pK2GW7上,并在大肠杆菌DH5α中表达;接着筛选转基因大肠杆菌,并提取转化质粒,最后将转化质粒转入农杆菌,再转入拟南芥中,使转基因阳性植株处于外界盐胁迫的条件下生长。经过比较分析证明,转基因植株比非转基因植株和其他转拟南芥CBL1基因的转基因植株的抗盐性明显提高。