本发明公开了一种利用黑芥子酶Emyr制备莱菔素的方法,属于功能酶技术领域,具体制备方法为:采用黑芥子酶Emyr降解莱菔苷,制备得到莱菔素;所述黑芥子酶Emyr,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述降解的具体方式为:将黑芥子酶Emyr加入到含有莱菔苷的溶液中,在25~40℃、pH 6.0~8.0条件下反应30分钟~120小时。本发明还公开了黑芥子酶Emyr在降解莱菔苷中的应用,在制备莱菔素中的应用。本发明的制备莱菔素的方法,采用稳定性好、酶活高的黑芥子酶Emyr降解莱菔苷,对实现莱菔素的大批量制备具有重要意义。