本发明公开了一种与猪背膘厚相关的SNP分子标记，该SNP分子标记为位于国际猪基因组Sscrofa11.1版本第5号染色体第66885632bp位点处的TC突变或位于如SEQ ID NO：1所示的第106位点的M表示的TC突变，该分子标记与猪背膘厚性状显著相关，通过使用该分子标记可以建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于降低种猪背膘厚的遗传改良中，从而提高猪群体的产肉(瘦肉)性能，提高企业经济利润通过优选该SNP分子标记的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低核心群种猪的背膘厚，加快种猪相关胴体性状的改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。
本发明公开了一种与猪背膘厚性状相关的基因组和分子标记方法及其育种应用，其特征在于所述基因序列Seq ID No：4为存在于猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4的核苷酸序列分子，利用分子标记方法来标记和确定的具有所述单倍型H4的猪进行育种，本发明的有益效果是：创造性地发现猪线粒体基因D‑Loop区单倍型H4的6月龄母猪背膘厚极显著低于其它单倍型，即单倍型H4与低猪背膘厚性状相关，并通过检测猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4作为与猪低背膘厚相关联的分子育种标记，不仅方法简便快速，而且不受环境影响，并可实现早期选种。
本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自ZNF2基因本发明的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记可用于猪个体的选育(背膘厚性状)，也可在配种时提供分子依据。该新的分子标记将有力的辅助背膘厚性状的选育，加快育种进度，减少育种成本，提高经济效益。本发明的ZNF2基因内SINE转座子插入多态为筛选猪的背膘厚提供了一个新的分子标记。
