本发明涉及一种用于人单个细胞基因组或线粒体DNA PCR扩增的内参系统,包含一对与细胞核重复核苷酸片段匹配的特异性引物和探针,其引物序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2,探针序列如SEQ该内参系统可用于单细胞扩增的质控及线粒体基因等相对拷贝数计算等。该系统的基本形式是基因组DNA PCR以及TaqMan荧光定量PCR法,其内参是基于细胞核重复核苷酸序列设定的,适用于单细胞,亚细胞模板量的DNA PCR扩增内参,对稀有样品特别适用,从而使得单细胞拷贝数等数据呈现出真正的可靠性与价值