本发明涉及一种海藻糖合酶突变体,属于基因工程技术领域。所述海藻糖合酶突变体是对氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示的海藻糖合酶的第201位和/或第351位的氨基酸进行定点突变获得的。本发明在天然海藻糖合酶的基础上,通过理性设计,结合定点突变生物技术改造海藻糖合酶分子结构,分析了突变后残基对酶热稳定性的影响,并最终获得了稳定性提高的突变菌株S201I、H351A及组合突变株S201I/H351A,本发明的海藻糖合酶突变体在热稳定显著提高的同时酶的活性不受影响,本发明的海藻糖合酶突变体比野生型更适合于催化麦芽糖生成海藻糖的应用,更利于生产工艺的灵活性。