本发明提供一种牙鲆海豚链球菌GAPDH串联多表位多肽及其应用,所提供的串联多表位多肽,是用多肽接头连接的四个抗原表位肽;其中四个抗原表位肽的氨基酸序列分别为SEQ ID NO:1‑4。所提供的串联多表位多肽,其一种具体的氨基酸序列为SEQ ID NO:8。本发明另一个方面还提供一种海豚链球菌GAPDH多表位疫苗,是将上述的串联多表位多肽作为抗原与疫苗佐剂制备的。本发明所制备的多表位疫苗能够为牙鲆抗S.iniae感染提供较强的免疫保护,且效果明显高于GAPDH重组蛋白亚单位疫苗以及S.iniae灭活疫苗。