本发明公开了一种制备壳寡糖的方法:(1)取壳聚糖,在2.0~2.5 MPa的蒸汽压力下爆破4分钟后快速降压,得到预处理的壳聚糖;(2)向浓度为2%~10%的预处理的壳聚糖溶液中加入SEQ ID NO.1所示的壳聚糖酶CsnBUT,在50~58℃条件下孵育20~80小时,得到降解产物,降解产物中包括壳二糖、壳三糖和壳四糖,以壳三糖为主。本发明的壳寡糖的制备方法,可高效地降解壳聚糖,过程中不使用酸,绿色无污染;制备得到的壳寡糖中壳三糖的纯度高,可大大减少寡糖精制过程后期产品分离纯化的耗时和操作成本。