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[发明专利]一种区分RNA测序数据中基因表达差异与长拷贝数变异的方法-CN202110752233.7在审
发明人：鲍远亮;王义亭;王佳 -专利权人：赛福解码（北京）基因科技有限公司
申请日： 2021-07-02 - 公布日： 2021-08-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种区分RNA测序数据中基因表达差异与长拷贝数变异的方法，包括以下步骤：先用已知不含CNV的样本和对照样本分别提取RNA，建库测序、质控、比对，得到比对结果BAM文件；统计原始reads count并进行标准化处理，得到矫正后reads count文件，过滤掉部分对照样本后合并得到原始reads count矩阵文件；使用差异表达检测软件检测测试样本中的差异表达基因，获得每个外显子的坐标区间，确定判断阈值，再用待测试样本替换已知不含CNV的样本重复操作，根据阈值来判断为拷贝数变异或表达差异。
一种区分 rna 序数基因表达差异拷贝变异方法

[发明专利]一种检测RET基因融合的方法及其应用-CN201210069592.3有效
发明人：季红斌;李飞;刘红艳;方兆元;夏巨峰;韩向琨 -专利权人：中国科学院上海生命科学研究院
申请日： 2012-03-16 - 公布日： 2013-09-18 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种检测RET基因融合的方法及其应用。具体地，包括步骤：(1)检测所述待测样本中RET基因转录本前部的相对表达量，记为PA1，并检测RET基因转录本后部的相对表达量，记为PB1，并计算两者的相对表达比率，记为P值；(2)将待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值进行比较，其中，如果待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值存在显著差异，则表示待测样本中的RET基因存在融合；还可能包括步骤：对P值存在显著差异的待测样品进行PCR鉴定，5’RACE和测序分析，从而确认RET基因的融合方式。
一种检测 ret 基因融合方法及其应用

[发明专利]肿瘤差异表达基因及其应用-CN202010515189.3有效
发明人：李正美;赵强;邱建峰;侯坤;石丽婷;赵慧慧;路伟钊 -专利权人：山东第一医科大学（山东省医学科学院）;山东第一医科大学第二附属医院
申请日： 2020-06-08 - 公布日： 2022-04-26 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及肿瘤差异表达基因及其应用，本发明也涉及肝癌的诊断和治疗，所述基因的异常表达与肿瘤的发生发展相关。本发明还涉及筛选预防和/或治疗肝癌的候选药物。
肿瘤差异表达基因及其应用

[发明专利]差异表达基因的检测方法-CN201010293987.2无效
发明人：王军伟;石铁流;常畅;何静 -专利权人：华东师范大学
申请日： 2010-09-27 - 公布日： 2011-02-16 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供一种差异表达基因的检测方法，包括如下步骤：确定样本的数量；通过数据读取单元，从基因芯片中获取基因表达值；通过数据转换单元进行数据转换；通过数据处理单元，根据样本的不同条件，按双样本检验单元、单样本检验单元、多样本检验单元进行数据处理；通过分布识别单元进行分析，判断样本检验结果的分布，从而确定p值；通过比较单元判断基因表达值是否存在差异，得到检测结果。
差异表达基因检测方法

[发明专利]检测生物分子的变化的方法和检测生物调控分子的变化的方法-CN201410003967.5有效
发明人：李雷;王琳 -专利权人：中国科学院数学与系统科学研究院
申请日： 2014-01-03 - 公布日： 2017-02-15 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测生物分子的变化的方法，该方法包括（1）用生物芯片或者高通量测序分别测量处理样品和对照样品，分别获得处理数据和对照数据；（2）使用对照数据对处理数据进行正规化，以获得无偏的基因表达差异数值本发明还提供了一种通过集成基因表达差异数值和生物调控分子与相应基因的结合强度来检测生物调控分子变化的量化指标的方法。本发明能够有效地挖掘高通量表达数据中的有用信息，并确定基因表达差异的调控机制。
检测生物分子变化方法调控

[发明专利]甜高粱蔗糖磷酸合成酶基因的表达检测方法及扩增引物-CN201810365019.4在审
发明人：李玥莹;逄洪波;李雪梅;马莲菊;邹剑秋;王兰兰;张颖;魏鑫;高华晨;钱美玲 -专利权人：沈阳师范大学
申请日： 2018-04-23 - 公布日： 2018-08-24 - 主分类号： C12Q1/6851 文献下载
摘要：对上述试材不同发育时期SPS基因表达进行定性分析，确定不同时期SPS基因表达的差异性。定量分析上述试材在不同的生长时期SPS基因表达量的差异，并将SPS基因表达相对浓度与蔗糖含量进行相关性分析，结果表明SPS基因表达相对浓度与蔗糖含量显著相关，根据本发明的结果建立一种甜高粱SPS基因表达快速检测方法
甜高粱蔗糖快速检测群体低糖高糖高粱蔗糖磷酸合成酶定性分析父本母本定量分析表达检测发育时期扩增引物生长时期拔节期表达量差异性含糖量叶片筛选杂交基因收获分析

[发明专利]一种荧光标记CRISPR/SpCas9系统介导的基因替换体系及其在植物中的应用-CN202110072099.6在审
发明人：夏兰琴;李慧园;闫磊 -专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2021-01-19 - 公布日： 2021-04-20 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明公开了一种重组载体、DNA分子、应用及植物中以RNA转录本为模板进行目的基因同源重组的方法。该重组载体包括表达盒甲、表达盒乙和表达盒丙；表达盒甲包括启动子甲、SpCas9‑T2A‑GFP和终止子；表达盒乙包括启动子乙和gRNA的编码基因，gRNA靶向的目标片段是植物基因组中将被替换的DNA片段；表达盒丙包括启动子丙、核酸酶甲的编码基因、模板区段、核酸酶乙的编码基因，模板区段包括目标片段的上游同源臂、供体片段和目标片段的下游同源臂；供体片段与目标片段具有如下差异：供体片段含有预期在目标片段中引入的差异核苷酸本发明的重载载体利用CRISPR/SpCas9系统，以RNA作为同源重组修复模板，在水稻中实现目的基因的替换，扩展TT‑HDR对于CRISPR/SpCas9系统的应用范围。
一种荧光标记 crispr spcas9 系统基因替换体系及其植物中的应用

[发明专利]一种预测优秀冰雪运动员体重的分子生物学方法-CN201310108921.5无效
发明人：李万哲;周文婷;王紫娟;单志强;吴芳春;关伟军 -专利权人：哈尔滨体育学院
申请日： 2013-04-01 - 公布日： 2013-07-24 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：由于肥胖基因(Obese，Ob)及其表达产物瘦素蛋白(Leptin)通过调控运动员的能量代谢进而影响运动员的体重，因此，ob基因的表达水平可以用于间接的预测优秀冰雪运动员的体重变化，本发明通过荧光定量PCR检测ob基因表达差异，ELISA方法检测血清中Leptin含量，并比较优秀冰雪运动员和普通人差异，统计分析得出ob基因表达量以及血清中瘦素蛋白含量与运动员体重变化的关系，预测优秀冰雪运动员短期内体重的变化
一种预测优秀冰雪运动员体重分子生物学方法

[发明专利]LncRNA作为氡暴露早期损伤诊断分子标志物的应用及筛选方法-CN202211724292.4在审
发明人：程娇;刘晓明;党旭红;杨彪;柴栋良;任越;董娟聪;张晓泉;张睿凤;张忠新 -专利权人：中国辐射防护研究院
申请日： 2022-12-30 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明涉及LncRNA作为氡暴露早期损伤诊断分子标志物的应用及筛选方法，通过筛选出的α粒子照射致人支气管上皮细胞早期损伤模型中，基因表达上调/下调与照射剂量具有响应关系的差异基因Lnc‑LGSN‑3:1本发明通过α粒子照射装置对人支气管上皮细胞BEAS‑2B进行分次累积照射，成功构建α粒子照射致人支气管上皮细胞早期损伤模型；然后，利用基因芯片筛查α粒子照射致人支气管上皮细胞早期损伤阶段的模型细胞中差异表达LncRNA分子；最后，通过PCR验证筛选获得的人支气管上皮细胞早期损伤LncRNA分子靶标中，基因表达上调/下调与照射剂量具有响应关系的差异基因的表达稳定性。
lncrna 作为暴露早期损伤诊断分子标志应用筛选方法

[发明专利]实时荧光PCR中目的基因的表达量的校正方法-CN201310121958.1有效
发明人：朱砺;张顺华;朱康平;李雪梅;李学杰;陈晨;洪蜜;袁红敏;张宇;熊勇 -专利权人：四川农业大学
申请日： 2013-03-26 - 公布日： 2013-06-26 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了实时荧光PCR中目的基因的表达量的校正方法，本方法主要是通过看家基因模板和已有cDNA按照一定比例的混合以后作为模板进行荧光定量，根据混合的比例所导致的Ct值的差异来计算得到看家基因在各个样本中的表达量，通过这个定量结果来对目的基因的表达量进行校正。
实时荧光 pcr 目的基因表达校正方法

[发明专利]羊草盐碱胁迫诱导水孔蛋白PIP基因-CN201010255907.4无效
发明人：李玉花;张旸;解莉楠;王江 -专利权人：李玉花;张旸;解莉楠;王江
申请日： 2010-08-09 - 公布日： 2012-03-14 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：羊草盐碱胁迫诱导PIP蛋白基因，它属于基因工程技术领域。本发明利用RACE法克隆获得耐盐碱能力极强的羊草的一种盐碱胁迫应答基因-PIP蛋白基因全长序列，然后，通过Northern检测和遗传转化检测其在盐碱胁迫下表达情况，分析它是否与抗盐碱胁迫相关。本发明获得的PIP蛋白基因编码区879bp，编码292个氨基酸。与禾本科其它植物大麦、小麦等相比同源性较高，DNA序列有约10％的差异，氨基酸序列差异小于5％，本发明获得的羊草PIP蛋白基因未见基因登录信息及相关序列信息报道。本发明所得基因Northern杂交和基因芯片技术研究盐碱胁迫诱导PIP蛋白基因在盐碱胁迫后的表达，结果发现，盐碱胁迫下该基因的表达量增加2倍以上，为与盐碱胁迫相关基因。
盐碱胁迫诱导水孔蛋白 pip 基因

[发明专利]大豆紫色酸性磷酸酶GmPAP36、其编码基因及应用-CN201610074162.9有效
发明人：张彩英;李喜焕;孙星;段鹏博;孔佑宾;杜汇;李文龙 -专利权人：河北农业大学
申请日： 2016-02-02 - 公布日： 2020-12-15 - 主分类号： C12N9/16 文献下载
摘要：本发明提供大豆紫色酸性磷酸酶GmPAP36、其编码基因及应用。本发明基于抑制性差减杂交技术构建低磷诱导大豆根系cDNA差减文库，从中选择低磷胁迫诱导表达的酸性磷酸酶候选EST，在此基础上，克隆酸性磷酸酶候选基因序列，采用实时定量PCR技术分析候选基因在植酸磷处理条件下的表达差异；构建基因原核表达载体，实现基因原核表达，同时构建基因真核表达载体，并转化拟南芥、大豆，获得转基因阳性植株，分析基因GmPAP36的生物学功能，为植物磷高效转基因育种提供功能基因。
大豆紫色酸性磷酸酶 gmpap36 编码基因应用

[发明专利]一种检测等位基因差异表达的方法-CN201710809360.X有效
发明人：李新云;赵书红;赵长志;吴慧;刘华珍;栾宇;陈毅龙;杨高娟;胡素琴;倪娟;谢胜松;赵云霞 -专利权人：华中农业大学
申请日： 2017-09-10 - 公布日： 2022-12-16 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本发明提供了一种检测等位基因差异表达的方法。具体地，本发明首次基于荧光基团标记引物策略扩增待测基因，利用限制性内切酶酶切的方法进行定量，并通过测定所述第二扩增产物LA的可检测标记的数量MLA与所述第二扩增产物LG的可检测标记的数量MLG，从而检测所述等位基因的差异表达。
一种检测等位基因差异表达方法

[发明专利]一种利用蛋白组技术获得钝顶螺旋藻耐盐功能基因的方法-CN201310159456.8无效
发明人：包其郁;李佩珍;丁力;应俊;任凭;杨雷;李劲松 -专利权人：温州医学院
申请日： 2013-04-26 - 公布日： 2013-09-04 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用蛋白组技术获得钝顶螺旋藻耐盐功能基因的方法，该方法包括以下步骤：培养三组螺旋藻，收集藻细胞，提取各组螺旋藻的全蛋白，测定蛋白样品的蛋白浓度；分离三个条件下螺旋藻的全蛋白，获得高分辨率的胶图，分析三个条件下螺旋藻的蛋白点，获得三个条件之间差异蛋白点的信息，鉴定差异蛋白的相关生物学信息；提取总RNA，反转录形成cDNA，建立基因的质粒标准品；检测分析基因的mRNA在0.02MNaCl和0.3MNaCl下的表达差异；检测差异表达基因的耐盐性。本发明提供了一种新的可用于抗盐植物、微生物基因工程育种的耐盐基因ORF1198，该基因为耐盐相关基因，可用于培育耐盐碱的转基因作物，具有良好的发展前景。
一种利用蛋白组技术获得螺旋藻功能基因方法

[发明专利]基于基因表达量预测肝细胞癌治疗反应性模型的构建方法-CN202210559298.4在审
发明人：李家平;唐熠阳 -专利权人：中山大学附属第一医院
申请日： 2022-05-20 - 公布日： 2022-09-06 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本发明公开基于基因表达量预测肝细胞癌治疗反应性模型的构建方法，包括以下步骤：根据公开数据库中若干名肝细胞癌患者肿瘤组织样本中基因芯片检测的相应基因的表达量；构建肝细胞癌TACE治疗反应性的预测模型；将肝细胞癌患者的肿瘤组织样本随机分为训练集和验证集，在训练集中，根据患者对TACE治疗的反应性分为反应及不反应两组，利用差异表达基因的方法找出与响应相关的基因，再通过多轮支持向量机建模确定最终纳入模型的基因及其相应权重系数；将得到的模型在外部验证集中对患者的总体生存时间差异进行统计学分析和比较本发明有选择性地通过基因的表达量对样本进行区分，能更为准确地预测患者对TACE治疗的反应。
基于基因表达预测肝细胞治疗反应模型构建方法