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[发明专利]一种提高胁迫条件下蛋白表达水平的方法-CN201910766130.9在审
发明人：张沨;王新飞;王兴春 -专利权人：山东汇冠康博生物科技有限公司
申请日： 2019-08-19 - 公布日： 2020-03-17 - 主分类号： C12N15/70 文献下载
摘要：本发明公开了一种提高胁迫条件下蛋白表达水平的方法，具体包括以下步骤：根据生物密码子敏感性，将高敏性的密码子替换成低敏性的密码子，使蛋白能在胁迫条件下仍维持高水平表达，并利用该策略将异丁醇生产途径中ilvC和ilvD基因进行了优化，以提高异丁醇的产量。本发明的方法验证了低敏感性密码子优化策略的可行性，为密码子优化提供了新策略，提高了逆境条件下蛋白的持续表达。
一种提高胁迫条件下蛋白表达水平方法

[发明专利]密码子优化的REP1基因及其用途-CN202180073005.5在审
发明人： D·H·基恩;M·A·科特曼;P·弗朗西斯 -专利权人： 4D分子治疗有限公司
申请日： 2021-08-31 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： A61K48/00 文献下载
摘要：本公开提供了编码人REP1的密码子优化的核苷酸序列、包含密码子优化的REP1序列的载体和宿主细胞，以及治疗视网膜病症，诸如无脉络膜症的方法，所述方法包括向受试者施用编码人REP1的密码子优化的序列。
密码子优化 rep1 基因及其用途

[发明专利]基于深度学习模型进行密码子序列设计的方法和装置-CN202310125151.9在审
发明人：肖奕博;屈玉娇;吴博文;李国强 -专利权人：深圳元育生物科技有限公司;珠海元育生物科技有限公司;北京元育生物科技有限公司
申请日： 2023-02-03 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供一种基于深度学习模型进行密码子序列设计的方法和装置，其中方法包括：获取外源目标氨基酸序列和生成多个随机数种子，并将目标氨基酸序列转化为数学向量；将不同的随机数种子拼接在转化为数学向量的目标氨基酸序列的起始端，获得多条不同随机数起始的目标氨基酸序列；将多条目标氨基酸序列输入密码子序列生成器，输出多条优化密码子序列；将多条优化密码子序列输入蛋白表达丰度预测器，输出每一条优化密码子序列所属基因簇对应的蛋白表达丰度排名能够考虑物种的密码子使用偏好的上下文搭配设计目的外源基因的密码子序列，并且能够在生物信息学层面实现目的外源基因蛋白表达水平的预测。
基于深度学习模型进行密码子序列设计方法装置

[发明专利]优化的核苷酸序列的生成-CN202180048685.5在审
发明人： K·A·陈;A·迪亚斯;F·德罗萨 -专利权人：翻译生物公司
申请日： 2021-05-07 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： A61K48/00 文献下载
摘要：提供了一种用于生成优化的核苷酸序列的方法。所述方法包括至少将密码子使用表标准化以及基于所述标准化密码子使用表中的密码子的使用频率为给定氨基酸序列选择密码子。所述方法可以包括生成编码所述氨基酸序列的多个优化的核苷酸序列的列表，过滤所述优化的核苷酸序列的列表，合成一个或多个优化的核苷酸序列，和/或施用一个或多个合成的优化的核苷酸序列。
优化核苷酸序列生成

[发明专利]密码子优化的GLA基因及其用途-CN202180031066.5在审
发明人： D·H·基恩;M·科特曼;P·弗朗西斯;D·沙弗;P·希曼斯基;K·惠特利斯 -专利权人： 4D分子治疗有限公司
申请日： 2021-04-26 - 公布日： 2022-12-23 - 主分类号： A61K35/761 文献下载
摘要：本公开内容提供了编码人α‑半乳糖苷酶A的密码子优化的核苷酸序列，包含密码子优化的α‑半乳糖苷酶A序列的载体和宿主细胞，以及治疗病症例如法布里病的方法，所述方法包括向受试者施用编码人α‑半乳糖苷酶A的密码子优化的序列
密码子优化 gla 基因及其用途

[发明专利]实现改进的多肽表达的方法-CN200780024670.5有效
发明人：约翰尼斯·安德列什·劳博斯;诺埃尔·尼古拉斯·玛丽亚·伊丽莎白·佩吉·范 -专利权人：帝斯曼知识产权资产管理有限公司
申请日： 2007-06-15 - 公布日： 2009-07-22 - 主分类号： C12N15/67 文献下载
摘要：本发明涉及优化蛋白质编码序列以在给定的宿主细胞中表达的方法。该方法应用遗传算法来优化编码预定的氨基酸序列的序列的单个密码子适合度和/或密码子对适合度。在该算法中，重复进行产生新序列变体和随后选择适当变体的过程，直到变体的编码序列达到单个密码子适合度和/或密码子对适合度的最小值。本发明还涉及包含处理器和存储器的计算机，所述处理器被设置为从所述存储器读取和写入，所述存储器包含数据和指令，所述数据和指令被设置为向处理器提供进行下述遗传算法的能力，所述遗传算法用于优化单个密码子适合度和/或密码子对适合度。本发明还涉及包含预定的氨基酸序列的编码序列的核酸，所述编码序列针对本发明的方法中给定的宿主细胞针对单个密码子适合度和/或密码子对适合度进行了优化，本发明还涉及包含这类核酸的宿主细胞和使用这些宿主细胞生产多肽和其它发酵产物的方法
实现改进多肽表达方法

[发明专利]一种通过密码子优化鸡IL‑2基因提高鸡的IL‑2蛋白表达效率的方法-CN201610984478.1在审
发明人：廖明;焦培荣;宋慧 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2016-11-09 - 公布日： 2017-03-22 - 主分类号： C12N15/26 文献下载
摘要：本发明提供了一种通过密码子优化鸡IL‑2基因提高鸡的IL‑2蛋白表达效率的方法，将鸡的IL‑2基因根据鸡的密码子的偏嗜性进行优化，得到的优化后的基因optiCKIL‑2；将优化基因optiCKIL‑2连接至真核表达载体所述通过密码子优化鸡IL‑2基因提高鸡的IL‑2蛋白表达效率的方法，根据鸡的密码子偏嗜性进行优化后，提高鸡IL‑2的蛋白表达效率，为鸡IL‑2构建DNA疫苗或作为佐剂奠定基础。
一种通过密码子优化 il 基因提高蛋白表达效率方法

[发明专利]一种密码子优化的凝血因子VIII基因及其构建体-CN202010581446.3有效
发明人：吴昊泉;党颖;苏玲玲;叶青;牛琦 -专利权人：康霖生物科技（杭州）有限公司
申请日： 2020-06-23 - 公布日： 2021-05-28 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明涉及生物医药领域，尤其涉及一种密码子优化的凝血因子VIII基因及其构建体。本发明提供一种密码子优化的凝血因子VIII基因，所述凝血因子VIII基因序列中GC含量至少为54％，CpG岛含量至少为122个，所述密码子优化的凝血因子VIII基因中B结构域的基因序列为截短的序列。本发明还提供一种核酸构建体，所述核酸构建体包括所述密码子优化的凝血因子VIII基因。本发明的密码子优化的凝血因子VIII基因及其构建体具有以下有益效果：显著提高凝血因子VIII的表达量；显著提高凝血因子VIII的活性水平；使用剂量小，免疫反应及免疫原性降低，风险相对可控。
一种密码子优化凝血因子 viii 基因及其构建

[发明专利]包含RAMP功能的通用蛋白质过表达标记及其应用-CN201480014969.2有效
发明人：金根重;朴愿筫;刘成焕;李镇永;李恩槟;闵思荣 -专利权人：全南大学校产学协力团
申请日： 2014-02-27 - 公布日： 2017-06-30 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种RAMP标记(ramp tag)，其能够解决使重组蛋白质在大肠菌(E.coli)中表达时因外源基因中的密码子(codon)与宿主的相容性差而发生的翻译速度的不稳定性。与解决稀有密码子(rare codon)的问题的以往的密码子优化(codon optimization)或密码子去优化(codon deoptimization)方法不同，本发明不更换原来的密码子序列，由此，本发明作为与人工合成DNA序列的密码子优化方法相比能够减少费用和时间并增加重组蛋白质表达的新方法，被期待可利用于附加价值高的医药品或工业用酶的生产。
包含 ramp 功能通用蛋白质表达标记及其应用

[发明专利]密码子优化的艰难梭菌外毒素A羧基端基因序列及其核酸疫苗-CN201110067603.X有效
发明人：王世霞;金柯;黄祖瑚;卢山 -专利权人：王世霞;金柯;黄祖瑚;卢山
申请日： 2011-03-21 - 公布日： 2011-09-28 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明属于生物医药技术领域，涉及密码子优化的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段及其核酸疫苗。该密码子优化基因序列兼顾了哺乳动物细胞和大肠杆菌密码子使用偏好，所涉及的艰难梭菌疫苗由密码子优化的外毒素A羧基端基因序列和真核表达载体pJW4303组成。经密码子优化后的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段，不但可以用于构建核酸疫苗，在免疫哺乳动物后有效地刺激了宿主的免疫系统，产生了较好的体液免疫反应，而且也适用于在大肠杆菌中对其进行蛋白的原核表达，为以后该蛋白的大量获取奠定了基础
密码子优化艰难梭菌外毒素羧基基因序列及其核酸疫苗

[发明专利]密码子优化的艰难梭菌外毒素A羧基端基因序列及其核酸疫苗-CN201010130904.8无效
发明人：王世霞;金柯;黄祖瑚;卢山 -专利权人：王世霞;金柯;黄祖瑚;卢山
申请日： 2010-03-23 - 公布日： 2010-10-27 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明属于生物医药技术领域，涉及密码子优化的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段及其核酸疫苗。该密码子优化基因序列兼顾了哺乳动物细胞和大肠杆菌密码子使用偏好，所涉及的艰难梭菌疫苗由密码子优化的外毒素A羧基端基因序列和真核表达载体pJW4303组成。经密码子优化后的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段，不但可以用于构建核酸疫苗，在免疫哺乳动物后有效地刺激了宿主的免疫系统，产生了较好的体液免疫反应，而且也适用于在大肠杆菌中对其进行蛋白的原核表达，为以后该蛋白的大量获取奠定了基础
密码子优化艰难梭菌外毒素羧基基因序列及其核酸疫苗

[发明专利]用于治疗涉及RDH12的病症和疾病的方法和组合物-CN201780054628.1在审
发明人： J.班尼特;J.孙;V.瓦西雷迪 -专利权人：宾夕法尼亚州大学信托人
申请日： 2017-07-07 - 公布日： 2019-08-30 - 主分类号： C12N15/53 文献下载
摘要：提供了密码子优化的RDH12的核酸序列，以及含有所述密码子优化的功能性RDH12的序列的重组病毒载体诸如AAV、表达盒、前病毒质粒或其它质粒。提供了表达密码子优化的功能性RDH12的重组载体。含有这些密码子优化序列的组合物可用于治疗、延缓或停止由RDH12的缺失、缺乏或不适当表达引起的某些致盲疾病的方法中。提供了用于校正非功能性的缺陷型或不充分表达的天然RDH12的其它组合物和方法。
密码子优化密码子优化序列重组病毒载体前病毒质粒非功能性核酸序列重组载体表达盒缺陷型疾病可用致盲质粒治疗校正延缓

[发明专利]信使核糖核酸密码子序列的处理方法、装置及电子设备-CN202310202151.4在审
发明人：贺选;王德品 -专利权人：南京燧坤智能科技有限公司
申请日： 2023-03-03 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： G16B50/40 文献下载
摘要：本发明公开了一种信使核糖核酸密码子序列的处理方法、装置及电子设备。其中，该方法包括：对多个初始密码子序列进行分类处理，得到第一序列集和第二序列集，其中，多个初始密码子序列对应于不同的信使核糖核酸；采用第一序列集，第二序列集，多个初始密码子序列对应的氨基酸序列，对预先构建的循环生成对抗网络模型进行训练，基于训练后的循环生成对抗网络模型，将第二序列集中的初始密码子序列转换为具备第一序列特征的目标密码子序列。本发明解决了相关技术中主要采用人工收集序列特征，并采用回归预测模型进行信使核糖核酸密码子序列优化的方法，存在的特征收集不全面，回归模型拟合能力有限，序列优化效果差的技术问题。
信使核糖核酸密码子序列处理方法装置电子设备

[发明专利]用于在有丝真菌细胞中生产感兴趣化合物的方法-CN200680003084.8有效
发明人：约翰尼斯·安德列什·劳博斯;瑟戈·彼得吕斯·当克斯;阿恩·斯达姆;诺埃尔·尼古拉斯·玛利亚·伊丽莎白·范佩杰 -专利权人：帝斯曼知识产权资产管理有限公司
申请日： 2006-01-24 - 公布日： 2008-01-16 - 主分类号： C12N9/20 文献下载
摘要：本发明涉及下述核苷酸序列，所述序列包含：具有经优化的密码子频率的同义核苷酸编码序列，优化使得天然密码子被同义密码子交换，所述同义密码子编码与天然密码子相同的氨基酸，并且具有较之天然密码子更高的密码子使用频率
用于真菌细胞生产感兴趣化合物方法

[发明专利]一种密码子优化的内切葡聚糖酶及其制备方法和应用-CN201610332234.5在审
发明人：顾斌涛;黄朝;黄国昌;熊大维;黄筱萍;刘兰;金丹凤 -专利权人：江西省科学院微生物研究所
申请日： 2016-05-19 - 公布日： 2016-08-17 - 主分类号： C12N9/42 文献下载
摘要：本发明提供了一种密码子优化的内切葡聚糖酶，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明还提供了密码子优化的内切葡聚糖酶的制备方法和应用。本发明里氏木霉的密码子偏好优化了来源于黑曲霉中的eng1基因，改造后的基因序列与野生型黑曲霉的eng1基因序列（Genebank收录号为AF331518）同源性为95.5%。密码子偏好优化后的eng1表现出较高酶活，本发明核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示密码子优化的内切葡聚糖酶由全基因合成，并连接到里氏木霉纤维二糖水解酶1启动子下。
一种密码子优化内切葡聚糖及其制备方法应用