本发明涉及一种快速鉴定柑橘自交亲和性的分子标记及其应用,所述分子标记为Sm基因,所述Sm基因的编码区序列为SEQ ID NO:1,所述Sm基因的检测引物对序列为SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3;还涉及Sm基因在鉴定柑橘属植株自交亲和性中的应用及一种鉴定柑橘属植株自交亲和性的试剂盒及方法。本发明基于Sm突变位点序列设计了特异性扩增引物,可稳定检测Sm基因在柑橘属植株中的存在与否,进而可快速鉴定柑橘自交亲和性,这为柑橘亲和品种选育及栽培生产提供了有效指导。本发明的方法根据PCR检测结果即可快速鉴定柑橘自交亲和性,耗时短,无需通过授粉观察,只需要采集柑橘幼嫩叶片即可,方便快捷。