[发明专利]基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法及系统在审
| 申请号： | 202111076063.1 | 申请日： | 2021-09-14 |
| 公开（公告）号： | CN113936742A | 公开（公告）日： | 2022-01-14 |
| 发明（设计）人： | 阮宏强;张鹏;刘泰驿 | 申请（专利权）人： | 上海中科新生命生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B40/10 | 分类号： | G16B40/10;G16B20/00;G06N3/04;G01N27/62 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 肖平安 |
| 地址： | 201109 上海*** | 国省代码： | 上海;31 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明提供一种基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法及系统，包括：将谱图库中的肽段序列及肽段序列对应的保留时间转换为(肽段序列,保留时间)格式；将肽段序列按照氨基酸序列表进行转换得到肽段序列矩阵；构建双向循环神经网络模型：其中循环神经网络单细胞结构保存肽段序列矩阵及其对应的保留时间；遗忘门确认肽段序列矩阵是否保留；输入门根据遗忘门确认的结果更新肽段序列矩阵对应的保留时间；输出门输出更新后的肽段序列矩阵及对应的保留时间。通过对修饰成分进行编码，使得修饰成分对肽段序列存留时间的影响被考虑；同时通过双向循环神经网络模型，使得对肽段序列的存留时间的预测分析结果可靠。解决了如何准确预测肽谱的存留时间的问题。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 谱分析 存留 时间 预测 方法 系统 | ||
【主权项】：
暂无信息
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于上海中科新生命生物科技有限公司，未经上海中科新生命生物科技有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/202111076063.1/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 上一篇：智能安防摄像头
- 下一篇：基于液相色谱-质谱检测血清中特瑞普利单抗的方法
- 同类专利
- 空间组学数据的处理方法、电子设备及介质-202210415770.7
- 梁瀚;肖利云;赵鑫;吴逵;李彤;章文蔚 - 深圳华大生命科学研究院
- 2022-04-18 - 2023-10-27 - G16B40/10
- 本申请提供了一种空间组学数据的处理方法、电子设备及介质，该方法包括：获取待处理的空间组学数据；对所述空间组学数据中的原信号进行信号模糊处理以生成所述原信号对应的模糊信号；根据在目标位置处的所述模糊信号与所述原信号之间的信号强度差异去除扩散信号，以得到处理后的空间组学数据。本申请提供的空间组学数据的处理方法、电子设备及介质，能够有效地去除空间组学数据的扩散信号，减少细胞间的污染，从而减少下游分析的假阳性结果，有效地提升了空间分辨率，从而提升了测序精度和效率。
- 一种基于分析纳米孔测序数据的便携式数据分析平台-202310890624.4
- 李健;林雪;郑学东;孙俊;李玮 - 南京中网卫星通信股份有限公司
- 2023-07-20 - 2023-10-24 - G16B40/10
- 本发明提出了一种基于分析纳米孔测序数据的便携式数据分析平台，属于测序数据分析领域，包括测序采集设备的采集端、与采集端相连接的本地服务器、与本地服务器连接的轻型便携式卫星终端、与轻型便携式卫星终端通信连接的远程服务器，所述采集端采集测序采集设备原始电信号数据传输至本地服务器，所述本地服务器对原始电信号数据进行处理形成数据规模缩小的数据文件，数据文件通过轻型便携式卫星终端连接网络后传输至远程服务器；本发明通过4/5G及卫星通信技术和纳米孔测序数据分析技术相结合，使用卫星通信解决了野外等无传统网络环境下数据的传输问题，实现了多种环境下的纳米孔测序检测呼吸道肺部微生物感染的实时性的需求。
- 基于完全集合经验模态分解的脑氧信号处理方法-202310740563.3
- 叶继伦;张旭;李泽熙 - 深圳大学
- 2023-06-21 - 2023-10-17 - G16B40/10
- 基于完全集合经验模态分解的脑氧信号处理方法，对各光波段下的空间差分光密度信号#imgabs0#进行N阶完全集合经验模态分解，输出各模态分量；对每个模态分量进行排列熵计算；以排列熵小于排列熵阈值的模态分量，进行信号重构获得空间差分光密度信号ΔOD
- 根据串联质谱法对数据编码肽进行测序-202310375584.X
- 姚钟平;伍卓知;刘重明;谭伟文 - 香港理工大学
- 2023-04-10 - 2023-10-17 - G16B40/10
- 肽测序在解码存储在数据编码肽中的数据中很重要。串联质谱(MS/MS)对于肽测序特别有用。在用于根据实验谱对数据编码肽进行测序的计算机实现方法中，首先对实验谱的原始数据进行预处理，以去除不可解释的峰，从而产生预处理数据。从谱图中识别竞争所述肽的肽序列的一个或多个候选序列的第一集合。所述谱图是根据预处理数据而不是原始数据形成的，以产生较少数量的候选序列，从而减少测序的时间成本。然后处理第一候选序列集合，以估计所述肽序列，从而获得肽序列估计序列的集合。验证每个估计序列是否无效。清理肽序列估计序列的集合以去除任何无效估计序列。
- 一种基于微生物群落的人工鱼礁生态修复效果评价方法-202310445671.8
- 张艳;李秋芬;陈聚法;李娇;袁伟;杨茜 - 中国水产科学研究院黄海水产研究所
- 2022-03-02 - 2023-10-13 - G16B40/10
- 本发明提供了一种基于微生物群落的人工鱼礁生态修复效果评价方法，包括：步骤1：采集水体样品，并根据采集的所述水体样品确定微生物的相对丰度；步骤2：计算水体指标与微生物相对丰度的相关系数，获得所有样本的水质指标与相应样本微生物的相关系数及其显著性指数；步骤3：根据所述显著性指数P筛选与水质指标相关性较强的微生物类群；步骤4：根据所述正相关和负相关的微生物类群建立相关微生物类群的总相对丰度与相关水质指标的联系；步骤5：根据所述变化图评价人工鱼礁生态修复效果。本发明方法简单快捷，成本较低，指示全面，客观准确，生态学意义明确。
- 序列和后验矩阵的处理方法、装置和计算设备-202311146735.0
- 郝俊龙;魏强;卓远;田利民;李锐 - 北京齐碳科技有限公司;成都齐碳科技有限公司
- 2023-09-06 - 2023-10-13 - G16B40/10
- 本申请涉及纳米孔测序领域，具体涉及用于对表征聚合物的第一向量化表示序列进行处理的方法和装置、对后验矩阵进行处理的处理方法和装置、计算设备、计算机可读存储介质和计算机程序产品。用于对表征聚合物的第一向量化表示序列进行处理的方法包括：将第一向量化表示序列输入第一机器学习模型，得到第一机器学习模型输出的权重向量，权重向量与第一向量化表示序列的长度相同，并且包括多个预测易位值，每个预测易位值指示聚合物相对于纳米孔测序的观测位点在相应时间步移动了多少个聚合物单元；以及将第一向量化表示序列与权重向量进行整合，得到表征聚合物的第二向量化表示序列。
- 反应曲线的异常识别方法及装置、存储介质-202310603519.8
- 杨君;王兴红;许涛 - 深圳市科曼医疗设备有限公司
- 2023-05-24 - 2023-09-29 - G16B40/10
- 本发明实施例公开了一种反应曲线的异常识别方法及装置、存储介质，通过上述反应曲线的异常识别方法，实现了基于目标样本的目标反应数据以及包括N个数据类型的数据类型列表进行特定蛋白反应曲线异常识别，利用反应曲线中的与各个数据类型对应的目标特征数据来判断反应曲线是否存在异常特征，在存在异常特征时，及时输出预警信息，防止基于异常反应曲线进行样本的特定蛋白的测定；或者，在所有数据类型的目标特征数据均不存在异常时，基于没有异常特征的特定蛋白反应曲线进行目标样本的特定蛋白的测定，提高了测定效率以及测定结果的准确度。
- 对免疫组库高通量测序样本间序列污染进行过滤的方法-201910241929.6
- 张伟;罗礼华;刘晓 - 深圳华大生命科学研究院
- 2019-03-28 - 2023-09-29 - G16B40/10
- 本发明公开了一种对免疫组库高通量测序样本间序列污染进行过滤的方法。本发明方法包括对免疫组库高通量测序所得有效数据进行泳道内样本间低频过滤、泳道间样本间低频过滤和核苷酸序列多样性过滤的步骤。在免疫组库(TCRBCR)建库和测序方法中测序污染一直是个无可避免的问题，影响着数据的可信性。但是，在免疫组库的计算机分析研究领域，系统且通用性的污染过滤方法一直缺失。本发明填补了这块空白，针对测序过程中可能的污染源进行准确的过滤，保证了后续数据分析的准确性。
- 一种碱基确定方法、装置、计算机设备及存储介质-202211667721.9
- 王玉垚;王丹阳;陈懂懂;袁静贤 - 郑州思昆生物工程有限公司
- 2022-12-23 - 2023-09-22 - G16B40/10
- 本公开提供了一种碱基确定方法、装置、计算机设备及存储介质，包括：获取样本数字信号，以及所述样本数字信号的碱基类型，所述样本数字信号的碱基类型是基于无监督训练的第一模型确定的；基于所述样本数字信号、所述样本数字信号的碱基类型以及所述无监督训练的第一模型输出的所述碱基类型对应的质量分数，对待训练的第二模型进行训练，得到目标分类模型，以通过所述目标分类模型确定待识别数字信号对应的碱基类型。
- 一种碱基测序质量评估方法-202310322408.X
- 周文雄;李雷;李昂 - 赛纳生物科技（北京）有限公司
- 2023-03-29 - 2023-07-14 - G16B40/10
- 本发明提供了一种碱基测序质量评估方法和系统，用于基因测序领域。本发明提供的碱基测序质量评估方法，通过提供标准核酸序列，将所述标准核酸序列比对到参考序列上，根据比对结果对标准核酸序列中的碱基赋予标记；训练分类器以拟合碱基的测序信号特征与其标记之间的关系；提供待测核酸序列，在所述待测核酸序列中，以碱基为基本单元，计算碱基的测序信号特征；赋予待测核酸序列中的碱基以至少两种质量值等步骤实现。
- 一种基于深度学习的集成模型驱动的SERS光谱分析平台及其应用-202310042487.9
- 徐慧英;刘子洋;朱信忠 - 浙江师范大学
- 2023-01-28 - 2023-07-04 - G16B40/10
- 本发明涉及一种基于深度学习的集成模型驱动的SERS光谱分析平台及其应用，属于医学检测技术领域。本发明的SERS光谱分析平台，包括如下模块：检测SERS光谱数据的模块、数据处理模块和集成模型分类模块；所述检测SERS光谱数据的模块，用于获取样本的SERS光谱数据；所述数据处理模块，用于将得到的SERS光谱数据进行处理，并构建数据集，同时将所述数据集拆分为训练集和测试集；所述集成模型分类模块，将训练集输入深度学习集成模型，进行训练，得到最优深度学习集成模型。本发明构建得到的SERS平台分析准确，较现有的其他模型KNN、SVM、RF、PCA‑TLNN、PCA‑RCKNCN具有更好性能。
- 用于肿瘤基因检测的荧光信号检测方法、介质及设备-202310241891.9
- 刘璐;冯新全;缪文基;包梦洁;缪贝贝 - 伊诺（张家港）生物科技有限公司
- 2023-03-14 - 2023-06-30 - G16B40/10
- 本发明提供用于肿瘤基因检测的荧光信号检测方法、介质及设备，涉及基因检测技术领域，包括：S1、获取第一荧光信号参数L1、第二荧光信号参数L2；S2、通过实验获取对照表一，对照表一中包括：第一种荧光染料的浓度与第一标准荧光信号参数的对应关系、第二种荧光染料的浓度与第二标准荧光信号参数的对应关系；S3、通过实验获取对照表二，对照表二中包括：第一种荧光染料的浓度与第一标准荧光信号干涉参数的对应关系、第二种荧光染料的浓度与第二标准荧光信号干涉参数的对应关系。以解决不同的荧光有不同的波段分布，可以尽量为其选择最优的检测通道，但是各种荧光信号的波段之间仍然有一定程度上的波段重合，影响测量结果的判断的问题。
- 核酸扩增曲线分析方法、装置、设备及存储介质-202310119786.8
- 陈琦;陈强;韩洪志 - 杭州奥盛仪器有限公司
- 2023-01-18 - 2023-05-30 - G16B40/10
- 本申请提供一种核酸扩增曲线分析方法、装置、设备及存储介质，涉及分子生物学技术领域，该方法包括：对核酸扩增数据进行拟合与导数求解，获得核酸扩增曲线的一阶导数曲线和高阶导数曲线；将一阶导数曲线和高阶导数曲线的峰值点代入一阶导数曲线进行计算，获得一阶导数曲线上的特征点；对特征点进行线性拟合与归一化，获得核酸扩增曲线的归一化一阶导数曲线；根据归一化一阶导数曲线，确定核酸扩增曲线的循环阈值。通过根据归一化的一阶导数确定扩增曲线循环阈值，避免了边缘效应导致的荧光光强值不同的问题，并且无需参比染料，从而大大优化了实验流程，提高了实验效率。
- 循环阈值的确定方法、电子设备及介质-202310118860.4
- 袁剑敏;钱漠宸;钟宏彬;胡建云 - 深圳市华盛昌科技实业股份有限公司
- 2023-02-01 - 2023-05-23 - G16B40/10
- 本申请适用于生物检测技术领域，提供了一种循环阈值的确定方法、电子设备及介质。循环阈值的确定方法包括：对待处理的扩增曲线中第N个循环至第M个循环的荧光值进行线性回归处理，得到该扩增曲线对应的基线，其中，N和M均为正整数，且M大于N；确定第N个循环至第M个循环的荧光值的残差标准误；基于基线和残差标准误确定该扩增曲线对应的阈值线；基于阈值线和扩增曲线确定循环阈值。本申请的循环阈值的确定方法在荧光聚合酶链式反应试剂处于非扩增状态时仍然能够符合统计学意义，提高了确定CT的准确率。
- 与蒙古羊多脊椎性状相关联的基因簇及其育种应用-202211666377.1
- 左永春;宋永利;曹贵方;周川清;张越;杨燕燕;乌达巴拉;王大清;张涌;马腾;永泉;巴图伊特格勒;巴雅尔图;阿拉坦苏和 - 内蒙古农业大学
- 2022-12-23 - 2023-05-05 - G16B40/10
- 本发明公开了与蒙古羊多脊椎性状相关联的基因簇及其育种应用，属于动物育种应用技术领域，本方案可以实现在采集蒙古羊的血液DNA样品后，利用其血液DNA样品进行GWAS探究与基因组选择信号分析，得到蒙古羊第7号染色体区域chr7:89mb‑chr7:90.5mb受到选择，并在89Mb‑90.5Mb范围内选择到与多脊椎性状相关的基因簇，包括ABCD4、VRTN、SYNDIG1L、LTBP2、PROX2等基因进行多脊椎羊的选择，可以加速多脊椎羊的选择育种工作，此过程为活体检测，无需宰杀羊即可对多脊椎蒙古羊进行选育，对大群体蒙古羊检测是否为多脊椎羊更为快速简便，利用此方法进行蒙古羊的遗传育种改良后，可培育出大批量多脊椎蒙古羊羔，进而提高羊群后代的平均体长，达到提高蒙古羊的经济效益的目的。
- 一种筛选赤潮敏感指示生物的方法-202211415045.6
- 季凤云;徐卫平;许建强;贺高红;董晓莹;郭建丽 - 大连理工大学盘锦产业技术研究院;大连理工大学
- 2022-11-11 - 2023-03-14 - G16B40/10
- 本发明涉及海洋赤潮预警技术领域，提供一种筛选赤潮敏感指示生物的方法，包括：步骤1，采集赤潮监控区内海水样品，提取样品中总DNA，PCR扩增后通过高通量测序，注释浮游细菌，并根据得到浮游细菌的物种，形成物种组成矩阵数据；步骤2，根据形成的物种组成矩阵数据，构建浮游细菌共现网络图；步骤3，根据共现网络模块特征，计算浮游细菌共现网络图中各节点的模块内连通度和模块间连通度，并选取模块内连通度大于第三阈值且模块间连通度小于第四阈值的节点，确定赤潮监控区水域中关键物种；步骤4，将筛选出的关键物种与赤潮藻进行Pearson相关性分析，确定赤潮指示生物。本发明能够确定赤潮敏感指示生物，更好的进行赤潮预警。
- 一种受扰动代谢通路确定方法及系统-202010008409.3
- 董继扬;张璇;邓伶莉;许晶晶 - 厦门大学
- 2020-01-06 - 2023-03-14 - G16B40/10
- 本发明涉及一种受扰动代谢通路确定方法及系统，包括：获取待测生物样本；采用高通量分析技术和谱数据处理方法对生物样本进行分析和处理，得健康和异常生物样本代谢物的浓度集合；计算健康生物样本代谢物集合中任意两种代谢物的健康生物样本浓度比值对数，得健康生物样本浓度比值对数集；同理得异常生物样本浓度比值对数集；根据上述浓度比值对数集确定偏离系数集；根据偏离系数集确定代谢物的扰动矩阵；获取通路隶属矩阵；根据代谢物的扰动矩阵和通路隶属矩阵确定代谢通路扰动矩阵；采用单边T检验对代谢通路扰动矩阵分析，确定受扰动代谢通路。通过本发明上述方法能准确获取显著受扰动的疾病代谢通路，降低生物样品的个体间差异对于通路识别的影响。
- 一种任意阶分段多项式信号的处理方法-202010575631.1
- 段君博;王青;王玉平 - 西安交通大学
- 2020-06-22 - 2023-01-03 - G16B40/10
- 本发明涉及一种任意阶分段多项式信号的处理方法，以解决现有分段多项式信号分割效果差的问题。本发明提供一种任意阶分段多项式信号的处理方法：首先，从原子力显微镜或从高通量基因组测序仪中提取信号；然后按照函数模型对信号进行分割拟合，再通过计算机算法程序进行动态规划和矩阵分解，根据输出分割值位置，绘制分割拟合后的新信号；最后，根据新信号检测断点位置，分割出伸直长度及持续长度估计所需要的合适区域，完成蛋白质解折叠，或分割出杨氏模量估计所需要的合适区域，或检测拷贝数变异区间及变异类型。
- 蛋白质组学串联质谱图寻峰算法-202210953144.3
- 何情祖;黎玉林;郭欢;帅建伟 - 国科温州研究院（温州生物材料与工程研究所）
- 2022-08-09 - 2022-11-18 - G16B40/10
- 蛋白质组学串联质谱图寻峰算法，本发明的寻峰算法分为三个部分，采用核回归进行数据平滑处理，以避免滑动平均值算法会导致的峰被削平的情况，并且此算法在遇到邻近峰、宽峰时，表现优秀。为了克服仪器等因素带来的基线漂移问题，采用了自适应最小二乘法，这种算法迭代收敛速度极快的同时，能非常优秀的处理基线问题，弥补了数据平滑阶段的算力问题。最终对于峰值的查找，使用一维连续小波变换，其将质谱视为多个小波，进行局部化处理的方式，非常契合质谱中峰的形状特征，并且其计算速度极快，能够在对质谱图进行寻峰的过程中尽可能减少噪音干扰的要求，还能尽可能精准的标识出受处理的肽段的峰，以便于后续进行可信度衡量时，能有效溯源。
- 质谱的数据序列在质量评估中的分析方法、装置和存储介质-202210783026.2
- 郭天南;朱怡;高欢欢;刘友琦 - 西湖欧米（杭州）生物科技有限公司
- 2022-07-05 - 2022-10-11 - G16B40/10
- 本发明公开了一种质谱的数据序列在质量评估中的分析方法、装置和计算机可读存储介质，涉及质谱信息处理领域。质谱的数据序列在质量评估中的分析方法包括：获取包括多种类型的质谱的数据序列的集合，每个质谱的数据序列包括多个质谱数据、并具有质谱的数据序列的质量标记，每个质谱数据包括质谱信号的产生时刻和信号强度；对于集合中的每个质谱的数据序列：将质谱的数据序列中的质谱数据映射到预设的多个产生时刻；以及将质谱的数据序列中的质谱数据的信号强度进行归一化处理；根据集合中的质谱的数据序列、质谱的数据序列的类型以及质量标记，对待测的质谱的数据序列进行质量评估。
- 一种筛选牛高原低氧适应基因ALDOC和功能性分子标记的方法及其应用-202011363669.9
- 黄金明;魏晓超;刘文浩;杨春红;王金鹏;鞠志花;王秀革;姜强;张亚冉;高亚平;王玲玲;高运东 - 山东省农业科学院奶牛研究中心;山东奥克斯畜牧种业有限公司
- 2020-11-27 - 2022-08-30 - G16B40/10
- 本发明提供一种筛选牛高原低氧适应基因ALDOC和功能性分子标记的方法及其应用，属于动物分子育种技术领域。本发明从牛基因组选择和遗传适应等角度，选择分布于高海拔和低海拔的牛品种，通过采用SNP芯片，整合FLK、hapFLK和XPEHH三种基因组选择信号分析方法，比较高低海拔牛之间和牛品种内的基因组选择信号，通过组合筛选策略和生物信息学分析鉴定出适应高原低氧极端环境的候选基因，进一步通过选择信号验证和重测序数据分析挖掘出潜在的功能性分子标记，并建立相应检测方法。本发明为高原低氧特色牛品种的培育等分子育种提供科学依据和简单易行的检测技术；同时对地方牛品种遗传资源的保护、评价和利用具重要意义和价值。
- 一种基于微生物群落的人工鱼礁生态修复效果评价方法-202210198637.0
- 张艳;李秋芬;陈聚法;李娇;袁伟;杨茜 - 中国水产科学研究院黄海水产研究所
- 2022-03-02 - 2022-06-03 - G16B40/10
- 本发明提供一种基于微生物群落的人工鱼礁生态修复效果评价方法，包括：步骤1：采集水体样品，并根据采集的所述水体样品确定微生物的相对丰度；步骤2：计算水体指标与微生物相对丰度的相关系数，获得所有样本的水质指标与相应样本微生物的相关系数及其显著性指数；步骤3：根据所述显著性指数P筛选与水质指标相关性较强的微生物类群；步骤4：根据所述正相关和负相关的微生物类群建立相关微生物类群的总相对丰度与相关水质指标的联系；步骤5：根据所述变化图评价人工鱼礁生态修复效果。本发明方法简单快捷，成本较低，指示全面，客观准确，生态学意义明确。
- 一种微滴式数字PCR高浓度检测方法-202111320265.6
- 夏江;高鹏 - 领航基因科技（杭州）有限公司
- 2021-11-09 - 2022-02-11 - G16B40/10
- 本申请公开了一种微滴式数字PCR高浓度检测方法，包括：识别原始液滴灰度图像中的液滴位置；选择液滴局部分析区，分别计算液滴局部分析区对应的灰度概率密度直方图和半径概率密度直方图；通过矩守恒阈值法分别计算液滴局部分析区对应的像素阈值和半径阈值；根据像素阈值和半径阈值，对液滴进行第一次阳性点筛选；选取液滴限定分析区，对液滴进行第二次阳性点筛选，并更新认定为阳性的液滴的阈值；计算所有液滴的平均阈值，利用更新后的液滴的阈值和平均阈值，更新液滴的灰度值；生成液滴灰度直方图，获取液滴阴性和阳性划分的阈值，重新划分液滴阴性和阳性。该方法可以提高微滴式数字PCR检测浓度，扩大浓度动态范围。
- 基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法及系统-202111076063.1
- 阮宏强;张鹏;刘泰驿 - 上海中科新生命生物科技有限公司
- 2021-09-14 - 2022-01-14 - G16B40/10
- 本发明提供一种基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法及系统，包括：将谱图库中的肽段序列及肽段序列对应的保留时间转换为(肽段序列,保留时间)格式；将肽段序列按照氨基酸序列表进行转换得到肽段序列矩阵；构建双向循环神经网络模型：其中循环神经网络单细胞结构保存肽段序列矩阵及其对应的保留时间；遗忘门确认肽段序列矩阵是否保留；输入门根据遗忘门确认的结果更新肽段序列矩阵对应的保留时间；输出门输出更新后的肽段序列矩阵及对应的保留时间。通过对修饰成分进行编码，使得修饰成分对肽段序列存留时间的影响被考虑；同时通过双向循环神经网络模型，使得对肽段序列的存留时间的预测分析结果可靠。解决了如何准确预测肽谱的存留时间的问题。
- 基于质谱分析的蛋白质从头肽测序方法及系统-202111076065.0
- 阮宏强;张鹏;薛冰冰 - 上海中科新生命生物科技有限公司
- 2021-09-14 - 2022-01-11 - G16B40/10
- 本发明提供一种基于质谱分析的蛋白质从头肽测序方法及系统，包括卷积神经网络模型、迁移神经网络模型和多模态数据模型；卷积神经网络模型从原始质谱图中提取出质谱MS1数据和质谱MS2数据，并进行特征提取和处理；迁移神经网络模型对卷积神经网络模型进行深度学习；多模态数据模型利用氨基酸序列对卷积神经网络模型和迁移神经网络模型进行训练和预测，以得到肽段序列。通过质谱MS1数据的离子保留时间对质谱MS2数据进行过滤及筛选，再利用迁移神经网络模型对所述卷积模型进行深度学习，使得最终可精准预测原始图谱的肽段序列，解决了如何提高蛋白质从头肽测序中无参考测序的准确性的问题。
- 基于免疫表征技术对样本分类的方法、装置及存储介质-202010923587.9
- 王俊;李英睿;王健;郑汉城;刘兵行;沈凌浩;陶一敏;燕鸣琛;李振宇;罗瀚;宋捷;胡晓莹 - 珠海碳云智能科技有限公司
- 2020-09-04 - 2021-09-14 - G16B40/10
- 本发明实施例提供了一种基于免疫表征技术对样本分类的方法、装置、存储介质及电子装置，其中，该方法包括：利用免疫表征技术，检测差异肽段在目标待测样本与对照样本中相应的差异响应信号，以得到第二差异响应信号；使用目标模型对所述第二差异响应信号进行分析，确定所述目标待测样本所属的类别；输出所述目标待测样本所属的类别。通过本发明，解决了相关技术中存在的没有明确的针对肽段对样本是否被感染进行检测的技术的问题，进而达到了实现针对肽段对样本是否被感染进行检测的技术，提高样本所属类别的检测准确率的效果。
- 一种基于深度学习的蛋白质质谱数据的分析方法及系统-202110425032.6
- 何情祖;郭欢;帅建伟;韩家淮 - 厦门大学
- 2021-04-20 - 2021-09-07 - G16B40/10
- 本发明公开了一种基于深度学习的蛋白质质谱数据的分析方法及系统，包括：获取样品的DIA蛋白质数据；基于DIA蛋白质数据，沿驻留时间维度以特定步幅移动的滑块为最小处理单元，删除滑块中的低信噪比的背景离子，确定候选母离子和候选子离子；将候选子离子的提取色谱输入变分自编码器编码神经网络后，嵌入到欧氏空间中，然后用k均值分类算法将其划分为k类；基于蛋白质数据库将每个碎片子离子簇与相应的母离子结合，生成母离子‑碎片子离子对；通过计算与理论谱相匹配的碎片子离子间的相似度，再次判断这些母离子‑碎片子离子对，将相似度超过预设阈值的母离子‑碎片子离子对作为伪串联谱存储。本发明能够提高鉴定到的肽段和蛋白质的数量。
- 一种蛋白质质谱定量分析结果的筛选方法及系统-202110424972.3
- 何情祖;李一鸣;郭欢;韩家淮;帅建伟 - 厦门大学
- 2021-04-20 - 2021-08-20 - G16B40/10
- 本发明公开了一种蛋白质质谱定量分析结果的筛选方法及系统，包括：获取经过OpenSWATH筛选后的定量结果图像；利用归一化方法对定量结果图像中的6个子离子的XIC曲线进行标准归一化，将XIC的强度转换到0和1之间；通过训练好的卷积神经网络对归一化方法的输出进行分类，输出肽段为阳性肽段的概率；基于预设的双阈值进行筛选，如果所述概率小于等于第一预设阈值，则判断出对应的肽段为假阳性肽段，如果所述概率大于等于第二预设阈值，则判断出对应的肽段为阳性肽段，否则，判断出对应的肽段为模糊肽段。本发明对OpenSWATH输出结果中多肽的碎片离子色谱所有肽段进行分类，以去除假阳性肽段，减轻人工检测的任务量。
- 检测TMB的方法及装置-201910995474.7
- 董永芳;郭璟;楼峰;曹善柏 - 北京橡鑫生物科技有限公司;天津橡鑫生物科技有限公司;北京橡鑫医学科技有限公司
- 2019-10-18 - 2021-07-30 - G16B40/10
- 本发明提供了一种检测TMB的方法及装置。该方法包括：利用配对白细胞的测序数据去除待测样本的测序数据中的胚系突变位点得到候选体细胞突变位点集；过滤候选体细胞突变位点集中的假阳性体细胞突变位点得到待测体细胞突变位点集，假阳性体细胞突变位点包括如下至少之一：氧化损伤导致的突变位点，背景噪音导致的突变位点；将待测体细胞突变位点集中的负荷突变个数除以测序数据在外显子区域的所有长度，得到TMB。通过充分利用配对白细胞、背景噪音突变频率分布数据库及氧化损伤来去除假阳性体细胞突变，从而提高了TMB的准确性及稳定性。
- 调节EIF4A3表达以调控肝癌细胞凋亡、迁移和侵袭能力的应用-202110417725.0
- 林燕;梁嵘;叶甲舟;李永强;杨玲 - 林燕
- 2021-04-19 - 2021-07-16 - G16B40/10
- 本发明涉及一种调节EIF4A3表达以调控肝癌细胞凋亡、迁移和侵袭能力的应用，通过生物信息学分析EIF4A3在肝癌的作用及探索与EIF4A3相关基因富集的通路和功能，随后预测并构建了EIF4A3参与肝癌细胞凋亡、迁移和侵袭的综合调控网络。在以上基础，以97H和HepG2细胞系为来源构建干扰EIF4A3表达的细胞系，进一步阐明干扰EIF4A3表达对肝癌细胞凋亡、迁移和侵袭的影响，有助于在肝癌进展中的作用提供了新的见解，并有助于确定该疾病的潜在治疗靶点，为EIF4A3应用于基因工程、肿瘤学及在临床上肝癌的诊断指标和治疗靶标提供可靠的理论依据。
- 专利分类
