[发明专利]一种单细胞全基因组扩增试剂盒在审
申请号: | 201711405983.7 | 申请日: | 2017-12-22 |
公开(公告)号: | CN108165610A | 公开(公告)日: | 2018-06-15 |
发明(设计)人: | 李静;陈昌岳;李明明;赵慧茹;郑冠涛;路远;胡秋萍;张祥林 | 申请(专利权)人: | 上海美吉生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6844 | 分类号: | C12Q1/6844;C12Q1/6806;C12N15/10 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 200120 上海市浦东新区中国(上海)*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明提供一种更佳的适用于单细胞全基因组扩增的试剂盒,一方面旨在通过优化引物和扩增步骤,可有效应用于固定后的单细胞样本;同时将一种可以特异性切除尿嘧啶核苷酸的酶处理应用于单细胞样品扩增中,可以显著降低扩增的错误率。相对于现有技术,该试剂盒更高效、简单、实用、精准、损失少、成本低、方法重复性好、错误率低、非常适合固定样本的单细胞全基因组扩增试剂盒,拓展了样本应用范围,同时降低了错误率,提高了检测的精密度。 1 | ||
搜索关键词: | 扩增 全基因组 错误率 扩增试剂盒 试剂盒 样本 尿嘧啶核苷酸 固定样本 优化引物 酶处理 应用 切除 检测 拓展 | ||
【主权项】:
1.一种单细胞全基因组扩增试剂盒,所述试剂盒包括:细胞裂解液、细胞裂解酶、磁珠、校正酶、反应终止液、预扩增缓冲液、终扩增缓冲液。2.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述细胞裂解液包括但不限于以下任一种:50mM KAc、20mM Tris‑Ac、10mM MgAc、0.2%Trition X‑100;1xPBS、1xThermo polbuffer、30mM Tris‑HCl;10mM Tris‑HCl、25mM EDTA、100mM NaCl;0.5%SDS、10mM Tris‑HCl、50mM KCl;10mM Tris‑HCl、100mM EDTA、0.5%SDS;30mM Tris‑HCl、10mM EDTA、1%SDS;30mM Tris‑HCl、2mM KCl、0.2%Triton X‑100。3.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述校正酶为具有DNA糖基化酶活性的酶。4.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述校正酶包括但不限于以下一种或几种:UDG酶、核酸外切酶Ⅷ、单链选择性尿嘧啶‑DNA糖基化酶、TU错配DNA糖基化酶、具有甲基结合域的尿嘧啶‑DNA糖基化酶。5.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述反应终止液包括:尿嘧啶‑糖基化酶抑制剂。6.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述预扩增缓冲液包括DNA聚合酶、BSA、dNTP、DNA聚合酶、无核酸水、第一随机引物。7.如权利要求6所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述第一随机引物结构为:第一引物固定序列‑第一引物随机序列‑第一引物三联重复序列,其中所述第一引物固定序列如SEQ ID NO:1所示,具体为ATGACTGATCCTTGTGCTAGAGTGTAC。8.如权利要求7所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述第一引物随机序列长度为4~20nt,优选地为4~10nt,更优选地为6~8nt。9.如权利要求1所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述终扩增缓冲液包括DNA聚合酶、BSA、dNTP、DNA聚合酶、无核酸水、第二随机引物。10.如权利要求9所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述第二随机引物结构为:第二引物固定序列‑第二引物随机序列‑第二引物三联重复序列,其中所述第二引物固定序列如SEQ ID NO:2所示,具为:ATGACTGATCCTTGTGCTAGAGTGTAC。11.如权利要求10所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述第二引物随机序列长度为4~20nt,优选地为4~10nt,更优选地为6~8nt。12.如权利要求7或10所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述第一引物中的三联重复序列为TTT,则所述第二引物中的三联重复序列GGG;所述第一引物中的三联重复序列为AAA,则所述第二引物中的三联重复序列
DNA聚合酶、Bst 2.0 DNA聚合酶、Bst DNA聚合酶,全长、Bst DNA聚合酶、Deep VentRTMDNA聚合酶、VentR(exo–)DNA聚合酶、
DNA聚合酶、
热启动Taq DNA聚合酶、
热启动Taq DNA聚合酶、
Taq DNA聚合酶、热启动Taq DNA聚合酶、Taq DNA聚合酶大片段、Taq DNA聚合酶(提供不含镁离子的ThermoPol II缓冲液)、Taq DNA聚合酶(提供
缓冲液)、
热启动DNA聚合酶、
DNA聚合酶、
热启动Flex DNA聚合酶、
超保真DNA聚合酶、
热启动超保真DNA聚合酶、
GGG;所述第一引物中的三联重复序列为TTT,则所述第二引物中的三联重复序列CCC;所述第一引物中的三联重复序列为AAA,则所述第二引物中的三联重复序列CCC。
13.如权利要求6或9所述的一种单细胞全基因组扩增试剂盒,其特征在于,所述DNA聚合酶包括但不限于以下一种或几种:vent DNA聚合酶、T7 DNA聚合酶、Bsu DNA聚合酶,大片段、T4 DNA聚合酶、DNA聚合酶I、(Klenow)大片段、DNA聚合酶I(E.coli)、TherminatorTMDNA聚合酶、Sulfolobus DNA聚合酶IV、phi29 DNA聚合酶、Bst2.0
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