[发明专利]基于细胞的探询式分析及其应用

摘要

本文描述的是一个用于通过建模来分析生物系统或过程(例如，疾病状态，如癌症)的发现平台技术。特别是，本文描述了一种用于识别生物系统的调节子的方法，其通过建立用于该生物系统的模型，从用于该生物系统的模型获得第一数据集，从用于该生物系统的模型获得第二数据集和通过使用编程的计算设备仅基于第一个数据集和第二数据集生成多个基因的表达水平与功能活性或细胞反应之间的一致因果关系网络。

主权项

一种用于识别生物系统的调节子的方法，所述方法包括：(1)使用与该生物系统相关的细胞建立该生物系统的模型来代表该生物系统的特征性方面；其中所述生物系统的模型包含与该生物系统相关的细胞；(2)从所述生物系统的模型获得第一数据集，其中该第一数据集代表与该生物系统相关的细胞中的多个基因的表达水平；(3)从所述生物系统的模型获得第二数据集，其中所述第二数据集代表与该生物系统相关的细胞的功能活性或细胞反应；(4)用编程的计算系统，仅基于所述第一数据集和第二数据集生成与所述多个基因的表达水平和所述功能活性或细胞反应有关的第一因果关系网络模型，其中所述第一因果关系网络模型的生成不基于第一数据集和第二数据集以外的任何已知生物学关系，且其中所述第一因果关系网络模型是基于通过进化整套试验网络产生的一致网络模型；(5)从所述第一因果关系网络模型和基于对照细胞数据的第二因果关系网络模型生成差异因果关系网络；和(6)从生成的差异因果关系网络鉴别在该生物系统中独特的因果关系，其中与该独特的因果关系相关的基因被确定为该生物系统的调节子。