本发明涉及一种微藻来源的半乳糖脂‑半乳糖脂半乳糖基转移酶CrGGGT03及其基因和应用,所述CrGGGT03基因的核苷酸序列如SEQID NO:1,该CrGGGT03氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示;所述转移酶经酶活验证发现该蛋白同时具有半乳糖基转移酶和半乳糖基水解酶的功能。在莱茵衣藻中过量表达半乳糖脂‑半乳糖脂半乳糖基转移酶基因CrGGGT03,不仅不会对微藻细胞的生长造成明显影响,还能够显著提高细胞干重和TAG合成量。该基因CrGGGT03可被作为重要酶源,运用于产高产量的生物柴油、多不饱和脂肪酸的TAG及其他相关的功能性低聚糖产业中。