本发明属于生物技术领域，具体涉及一种与玉米穗长主效QTL紧密连锁的分子标记及其引物和应用。所述分子标记位于玉米第3染色体上，包括分子标记M158和分子标记M0900；所述分子标记M158的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示，所述分子标记M0900的核苷酸序列如SEQ ID NO.24所示。扩增分子标记M158的引物序列为：M158‑F：5’‑CCGAGTGTGAGTGAGGACAA‑3’；M158‑R：5’‑CACGTGGATTGGTTACGATG‑3’；扩增分子标记M0900的引物序列为：M0900‑F：5’‑ACGATGCATGGTTGGAGTTG‑3’；M0900‑R：5’‑CCATCAAACAAAGTGGCCCA‑3’。本发明提供的分子标记与玉米穗长主效QTL紧密连锁，可应用于穗长分子标记辅助育种，应用于穗长种质资源筛选，应用于玉米穗长的遗传改良。
