本申请涉及一种用于鼠六丝鞭毛虫检测的引物探针组合物及应用。所述引物探针组合物中包括一条上游引物、一条下游引物和一条检测探针;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,所述检测探针的核苷酸序列选自如SEQ ID NO:3~SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列中的任意一种。利用所述引物探针组合物或者包含所述引物探针组合物的试剂盒对样本中鼠六丝鞭毛虫进行检测的方法具有敏感性高、特异性强和准确性高等优点;同时该方法不用杀鼠,能够较好地应用在实验动物大小鼠肠道内鼠六丝鞭毛虫的检测中。