本发明公开了特异性靶向猪Pax3基因的sgRNA序列及其应用,属于动物基因工程技术领域。本发明的特异性靶向猪Pax3基因的sgRNA序列,其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。将其与Crispr‑Cas9系统相结合,使其在目的基因位点处产生双链断裂,从而能够通过非同源末端修复机制造成Pax3基因起始密码子ATG附近的碱基随机缺失或插入,进而导致猪Pax3基因表达被沉默,以研究Pax3基因缺失对猪自身生长发育的影响;还可以通过同源重组,将外源基因插入基因组目标位点,从而在Pax3基因目标位点处实现精准高效的基因编辑。本发明为深入研究Pax3基因在猪生长发育过程中的具体作用机制及制备Pax3转基因猪提供一个简单可行的方法。