本申请属于甜瓜基因育种开发技术领域，具体涉及一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因。该基因长度为1134bp，与甜瓜果皮的绿色性状相关，碱基序列如SEQ ID NO.1所示。本申请同时提供了用于检测APRR2基因的indel分子标记。本申请以黄皮和绿皮材料构建的六世代遗传群体为基础，初步解析了甜瓜果皮颜色的遗传规律，并最终确定了一个与甜瓜绿色果皮形成密切相关的基因。进一步的基因克隆发现该基因在甜瓜白色和黄色果皮材料中存在一个13bp的碱基插入，据此进一步设计了indel标记。总之，该分子标记可用于甜瓜皮色育种中的早期选择。而基于本申请相关研究结果，也可为新的甜瓜品种的培育奠定一定基础。
本发明公开了一种与辣椒抗疫病基因紧密连锁的分子标记及其应用。本发明的分子标记由SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2所示的DNA分子组成。通过实验证明本发明的分子标记ZL6726特异性强，可用于辣椒分子标记辅助育种，通过苗期筛选即可对抗病植株进行选择，可节约成本，提高选择效率，大大加速育种进程，为进一步通过染色体步移法精细定位并克隆抗病基因奠定了基础。
