本发明公开了诊断、筛查和预测糖尿病发生的DNA甲基化标志物,所述标志物是基因VDR中的如下第(1)至第(7)组的七个CpG位点发生甲基化:(1)34(基于SEQ ID NO.1);(2)83:87(基于SEQ ID NO.1);(3)191:195(基于SEQ ID NO.1);(4)245(基于SEQ ID NO.1);(5)272(基于SEQ ID NO.1);(6)423(基于SEQ ID NO.1);(7)102(基于SEQ ID NO.2)。本发明还公开了检测所述DNA甲基化标志物的探针、方法和试剂盒,以及利用上述DNA甲基化位点的数据预测糖尿病发生风险的计算机模块。