本发明公开了一种侧耳属线粒体nad4L基因的扩增引物及其在鉴定侧耳属物种中的应用,涉及遗传进化领域。该引物包括上游引物和下游引物,上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明解决了现有技术中没有线粒体nad4L基因条形码对侧耳属进行分类鉴定的问题,该侧耳属线粒体nad4L基因特异性引物,可以一次性高通量对多个侧耳属物种进行扩增,为侧耳属物种鉴定及系统发育分析提供极大的便利;该引物的扩增产物大小为230bp左右,覆盖了nad4L基因大部分序列,既有足够的遗传位点用于物种区分鉴定,又可保证一个测序反应就能测完全部序列,具有操作简单,节约成本的优点。