本发明公开了CmEAF7基因在提高甜瓜耐冷性和/或果实品质中的应用，所述CmEAF7基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述提高甜瓜果实品质表现为甜瓜果实中蔗糖与果糖含量提高。本发明通过沉默CmEAF7基因，对沉默植株与阴性对照进行冷处理，通过对比冷处理前后沉默植株与阴性对照之间的耐冷性表型差异以及离子渗透量的变化，明确CmEAF7基因能够正调控甜瓜苗期的耐冷性；另外，过表达CmEAF7基因能够提高甜瓜果实中果糖和蔗糖含量，相反沉默CmEAF7基因能够降低甜瓜果实中果糖和蔗糖含量，可见CmEAF7基因在提高甜瓜耐冷性和/或果实中果糖和蔗糖含量中起着重要的作用，在甜瓜耐低温与高品质协同改良中具有潜在的应用价值。
本发明公开了一种基于QTL位点互作预测甜瓜果实长度的方法及相关分子标记，属于分子遗传育种技术领域，具体涉及了甜瓜果实长度主效QTL位点qFL2.1和qFL8.1，进一步提供两个主效位点间不同基因型协同调控果实长度的互作方式，利用互作方式，可以预测甜瓜果实长度。并涉及与两个主效位点紧密连锁的InDel分子标记及其应用，分子标记A02‑InDel与QTL位点qFL2.1紧密连锁，能够通过如SEQ ID NO.1‑2所示的引物对扩增得到；分子标记A08‑InDel与QTL位点qFL8.1紧密连锁，能够通过如SEQ ID NO.3‑4所示的引物对扩增得到。采用本发明的分子标记组合，可预测位点间不同基因型之间的互作方式，从而能够准确选择不同果实长度的甜瓜材料，具有选择精准率高的突出特点，可以有效提高甜瓜果实长度育种效率。
本发明公开了一种与甜瓜结果部位和果实大小共分离的InDel分子标记及应用，扩增所述分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示。该分子标记引物不仅在分离群体中与结果部位和果实大小性状共分离，在不同育种材料中，其扩增带型也与结果部位和果实大小表型一致，因此可直接用于甜瓜分子标记辅助育种，对于甜瓜新品种培育中具有较好的应用价值。
