本发明公开了一种检测番茄褐色皱果病毒的特异性分子探针、试剂盒、检测方法及应用。特异性分子探针为crRNA,包括5’端的与Cas13a蛋白结合的锚定序列和3’端的向导序列,所述向导序列的核酸序列如SEQ ID No:1或SEQ ID No:2或SEQ ID No:3所示。试剂盒包括特异性分子探针crRNA、CRISPR‑Cas13a、缓冲液和荧光报告分子。本发明基于CRISPR‑Cas13a系统检测番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV),操作简单,产生的荧光可直观检测,耗时短,效率高,特异性分子探针的特异性强、灵敏度高,对ToBRFV的早期检测和防控有积极作用。