本发明水稻OsFIE1突变型基因及其编码蛋白与应用,属于生物育种技术领域。OsFIE1突变型基因包括在OsFIE1野生型基因的第508‑514位核苷酸缺失,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1;或者,在OsFIE1野生型基因的第513‑514位和第627‑628位核苷酸同时缺失,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2。本发明还提供了上述两种OsFIE1突变型基因编码获得的水稻OsFIE1突变型蛋白。本发明发现水稻基因OsFIE1参与调控水稻籽粒糊粉层发育。通过CRISPR/Cas9技术定点编辑OsFIE1基因,使正常OsFIE1蛋白功能丧失,获得籽粒糊粉层稳定增厚的材料,提高稻米营养价值。