本发明公开了一种基于二代测序技术检测STR和SNP的引物组合物、试剂盒和方法及其应用,属于生物技术与遗传学技术领域。该引物组合物包括87个STR、294个SNP和amelogenin位点的扩增引物;扩增所述87个STR位点和amelogenin位点的引物组合物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑176所示,扩增所述294个SNP位点的引物组合物的核苷酸序列如SEQ ID No.177‑764所示。本发明依据中国人群遗传学背景,筛选出了87个STR和294个SNP候选标记,并设计检测上述STR和SNP的方法,该方法准确性好、提供信息含量大,可应用于法医学个体识别和亲缘关系鉴定。