本发明涉及水稻病原菌分子检测技术领域，公开了一种基于MNP快速检测水稻病原菌的引物组及试剂盒和方法，包括引物对A、引物对B、引物对C和引物对D，所述引物对A为xoo1～xoo20中的至少一对，引物对B为xoc1～xoc14中的至少一对，引物对C为Burkholderia_glumae1～Burkholderia_glumae20中的至少一对，引物对D为Pyricularia_oryzae 1～Pyricularia_oryzae 20中的至少一对；每对引物对均包括正向引物和反向引物；所有引物的碱基序列如SEQ ID No.1～148所示。本方案引物组可一次性的对水稻白叶枯病、谷枯病、水稻细菌性条斑病和稻瘟病的病原菌的多个MNP标记中的至少一个进行检测，根据获得的MNP标记的序列进行水稻病害病原物的定性鉴定、水稻病害病原物各亚种间的遗传变异鉴定、病原菌指纹数据库的构建。
