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[发明专利]一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法-CN202211093343.8有效
发明人： 康亚妮;程酩;王佳宁;邵志峰;李华;秦玉兰 -专利权人：苏州京脉生物科技有限公司;上海交通大学
申请日： 2022-09-08 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。
一种传代细胞高保真甲基化分离分析方法

[发明专利]一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法-CN202310145143.0在审
发明人：邵志峰;文柏清;张倪;闫方;李小卫;孙洁林;康亚妮;程酩 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2023-02-21 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G01N33/535 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法，具体的，本发明提供了一种对组织样本进行均匀可控性免疫标记的方法。本发明的方法可同时解决特异性标记、大尺度样本均匀标记和反差强度可控三个问题，实现对生物大组织高分辨率成像的特定结构标记。
一种用于生物组织高分辨率成像标记方法

[发明专利]一种精准分析单细胞APA位点的sc3T-seq方法-CN202310082830.2在审
发明人： 康亚妮;文柏清;张伟伟;张飞;何梦菊;张博涵 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2023-01-18 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了一种精准分析单细胞APA位点的sc3T‑seq方法，涉及分子生物学和生物信息学领域，oligo(dT)20引物与链霉亲和素的磁珠孵育结合，加入少量起始样本和外源单链DNA，双链cDNA合成，双链cDNA断裂，移除polyA，释放带标签的cDNA，加入具有生物素标记的λ‑DNA，加入羧基磁珠，筛选去除外源cDNA，末端修复、加接头、构建cDNA文库，链霉素亲和磁珠去除生物素标记λDNA，得到纯净的样本文库。本发明降低了起始样品量，使分析APA位点的实验技术能够适用于少量样本甚至单个细胞，对于精准检测、分析细胞特异性的APA有很大的作用。
一种精准分析单细胞 apa sc3t seq 方法

[发明专利]诊断结直肠癌的分子组合标志物及检测试剂盒-CN201910552941.9有效
发明人： 康亚妮;毛湛睿;孙洁林;张辉;赵晖 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2019-06-25 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：诊断结直肠癌的分子组合标志物及检测试剂盒。本发明公开了一种microRNA hsa‑miR‑133a‑3p，hsa‑miR‑145‑5p，hsa‑miR‑1‑3p和hsa‑miR‑378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1作为结直肠癌诊断标志物及其应用，在人结直肠癌组织中表现为显著特异性高表达现象，能够明确清楚地表征结直肠肿瘤的发生。针对联合生物标志物hsa‑miR‑133a‑3p，hsa‑miR‑145‑5p，hsa‑miR‑1‑3p，hsa‑miR‑378d以及其对应靶基因MLEC，SET，PPIA，YY1的表达水平进行大规模检测，可以快速、便捷、准确及灵敏的预测和诊断结直肠癌的发生。
诊断直肠癌分子组合标志检测试剂盒

[发明专利]一种用于肺癌预后诊断标志物的应用及检测试剂盒-CN202110254925.9有效
发明人： 康亚妮;何梦菊;张浩然;张辉;徐菡佳;丁羽殷 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2021-03-09 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于诊断肺癌预后的生物标志物，其包括hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p和hsa‑miR‑490‑3p。本发明通过对肺癌相关miRNA筛选、靶基因的预测和功能分析，进行了预后模型的构建和风险因子评估，通过肺癌组织及癌旁组织检测验证，筛选出的三种新的miRNA标志物，并完成了肺癌预后模型的构建和临床样品验证，hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p，hsa‑miR‑490‑3p作为肺癌预后诊断标志物的应用及其检测试剂盒，可用于准确预后、个性化治疗以及疾病监测等。
一种用于肺癌预后诊断标志应用检测试剂盒

[发明专利]一种从卵泡液中提取cfDNA的方法-CN201910390311.6有效
发明人： 康亚妮;秦玉兰;毛湛睿;赵晖 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2019-05-10 - 公布日： 2022-07-15 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种从卵泡液中提取cfDNA的方法，通过对卵泡液样本两步离心去除多余细胞碎片；利用裂解液对卵泡液进行裂解，加入的蛋白酶K消化多余的蛋白，同时加入的Carrier RNA使DNA更易析出沉降；利用羧基磁珠对DNA的吸附作用；在高盐低pH的条件下，将卵泡液中的cfDNA吸附到磁珠上，经过盐洗涤和醇洗涤后，去除100bp以下的片段，洗脱后再次加入0.5倍体积的羧基磁珠，吸附并去除大于300bp的长片段，获得合适长度范围的cfDNA。同时对所获的cfDNA进行末端修复，产生平末端连接，并在3’末端添加碱基A，并在cfDNA两端添加接头并扩增纯化等，完成高通量文库的构建，最终完成上机测序。
一种卵泡提取 cfdna 方法

[发明专利]一种微量DNA样品高通量测序文库的构建技术-CN201811025369.2有效
发明人：赵小东;康亚妮;胡丛霞;徐伟 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2018-09-04 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种微量DNA样品高通量测序文库的构建技术。具体地，本发明方法包括步骤：(a)提供DNA片段和辅助核酸片段；(b)向DNA片段和辅助核酸片段两端添加接头；(c)用特异性抗体捕获、富集末端带有接头的DNA片段和辅助核酸片段；(d)用特异性酶去除所述辅助核酸片段；(e)用特异性引物对所述步骤(c)中捕获、富集的DNA片段和辅助核酸片段进行扩增，从而获得扩增产物。本发明方法更适用于少量来源的微量样品的文库构建；文库质量好，无污染；成本较低，具有较高的普遍适用性。
一种微量 dna 样品通量序文构建技术

[发明专利]一种用于DNA甲基化检测的试剂盒与方法及应用-CN201810697732.9有效
发明人： 康亚妮;赵小东;邵志峰;毛湛睿;金戈旋 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于DNA甲基化检测的试剂盒，其至少包括生物素标记的甲基化的λ‑DNA和链霉素包被的磁珠。还公开了该试剂盒在少量DNA样品甲基化检测中的应用，样品量可低至1ng。本发明还公开了一种DNA甲基化检测的方法及其应用。本发明提供的技术方案显著降低了DNA甲基化检测所需的最低起始样品量，且不需要特定的试剂盒和实验设备，节省成本，具有较高的普适性。在富集甲基化DNA的同时不引入外源DNA污染，若采取文库构建和高通量测序的检测方法时不会受到外源DNA信息的影响，有利于进一步降低测序成本，提高数据质量。
一种用于 dna 甲基化检测试剂盒方法应用

[发明专利]一种检测蛋白质和DNA相互作用的试剂盒与方法及应用-CN201810697733.3有效
发明人： 康亚妮;赵小东;徐伟;毛湛睿 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2021-02-09 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测蛋白质和DNA相互作用的试剂盒，其至少包括外源组蛋白抗原。还公开了上述试剂盒在检测少量蛋白质和DNA相互作用中的应用，所需样品量可低至1000个细胞。本发明还公开了一种检测蛋白质和DNA相互作用的方法及其应用。本发明提供的技术方案通过在少量起始样品中补加所要研究的与DNA相互作用的组蛋白相应的抗原以减少样品损失并提高免疫沉淀反应的效率。具有以下优点：1、所需最低样品量为1000个细胞，更加适用于少量来源样品的蛋白质和DNA相互作用的检测分析；2、ChIP实验不需要特定的试剂盒和实验设备，成本较低，具有较高普遍适用性。
一种检测蛋白质 dna 相互作用试剂盒方法应用

[发明专利]用于胃癌诊断及预后评估的生物标记物及应用和检测试剂盒-CN202010197122.X在审
发明人： 康亚妮;秦玉兰;俞焙秦;李华 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2020-03-19 - 公布日： 2020-07-17 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于胃癌诊治及预后评估的生物标记物及应用和检测试剂盒，采用肿瘤浸润免疫细胞因子IL23A作为胃癌诊治及预后评估生物标记物，通过检测所述肿瘤浸润免疫细胞因子IL23A的相对表达水平来评估患者预后情况。与现有技术相比，本发明细胞因子参与肿瘤免疫细胞浸润的多种免疫反应，能够从分子水平实现胃癌危险度的分级分期发展阶段，迅速、准确地检测和评估胃癌预后，有效提高胃癌预后检测及评估的敏感性和特异性。
用于胃癌诊断预后评估生物标记应用检测试剂盒

[发明专利]DNA甲基化标志物PCYT1A在制备诊断PCOS试剂盒中的应用-CN202010124607.6在审
发明人： 康亚妮;毛湛睿;王昱欢;康亦馨 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2020-02-27 - 公布日： 2020-06-09 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明提供了一种DNA甲基化标志物PCYT1A在制备诊断PCOS试剂盒中的应用，属于生物医药技术领域。本发明首次发现相对于正常组织，PCYT1A基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平在PCOS患者卵巢颗粒细胞中呈现显著性差异，可作为PCOS相关的生物标志物，开发为PCOS诊断检测试剂盒；本发明还通过检测卵巢颗粒细胞样品中的，PCYT1A基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平，可以快速、准确及清楚的确定PCOS的发生。
dna 甲基化标志 pcyt1a 制备诊断 pcos 试剂盒中的应用

[发明专利]DNA甲基化标志物LPCAT1在制备诊断PCOS试剂盒中的应用-CN202010124590.4在审
发明人： 康亚妮;毛湛睿;陈旻;何梦菊 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2020-02-27 - 公布日： 2020-06-09 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明提供了一种DNA甲基化标志物LPCAT1在制备诊断PCOS试剂盒中的应用，属于生物医药技术领域。本发明首次发现相对于正常组织，LPCAT1基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平在PCOS患者卵巢颗粒细胞中呈现显著性差异，可作为PCOS相关的生物标志物，开发为PCOS诊断检测试剂盒；本发明还通过检测卵巢颗粒细胞样品中的，LPCAT1基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平，可以快速、准确及清楚的确定PCOS的发生。
dna 甲基化标志 lpcat1 制备诊断 pcos 试剂盒中的应用

[发明专利]用于PCOS诊断的颗粒细胞生物标志物及其筛选方法和诊断试剂盒-CN201911023570.1在审
发明人： 康亚妮;毛湛睿;赵晖 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2019-10-25 - 公布日： 2020-02-04 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于PCOS诊断的颗粒细胞生物标志物及其筛选方法和诊断试剂盒，采用RNA‑seq、miRNA‑seq与MBD‑seq技术联合分析的方法，在全基因组范围内筛选PCOS相关生物标志物，并发现了新的诊断标志物。标志物包括miR‑429，miR‑141‑3p，和miR‑126‑3p；和/或，XIAP基因，BRD3基因，MAPK14基因和SLC7A5基因。与现有技术相比，本发明具有检测灵敏性和精确度高等优点。
基因生物标志物筛选诊断标志物诊断试剂盒技术联合检测灵敏颗粒细胞全基因组标志物诊断分析发现

[发明专利]胃癌预后诊断标志物TREM1的应用及检测试剂盒-CN201911029436.2在审
发明人： 康亚妮;秦玉兰;俞焙秦 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2019-10-28 - 公布日： 2020-01-07 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种胃癌预后诊断标志物TREM1在胃癌预后检测及评估中的应用，涉及生物医学领域，所述应用是通过检测所述标志物TREM1的相对表达水平来评估胃癌患者预后情况。本发明还公开了包括所述标志物TREM1的引物与内参的检测试剂盒。本发明提供的胃癌预后诊断标志物TERM1具有高特异性和敏感性，可通过快速、简便的方法检测其相对表达量、进而对胃癌患者的预后进行准确的判断和评估，从分子水平实现对胃癌危险等级的分级分层，迅速、准确地预测胃癌预后，对不同预后程度的患者进行分类治疗，从而指导胃癌病人的个体化精准治疗，节约医疗成本，具有极高的临床应用价值。
胃癌标志物预后预后诊断评估特异性和敏感性生物医学领域相对表达量表达水平分子水平检测试剂临床应用医疗成本预后检测个体化检测分层分级内参引物治疗应用分类节约预测

[发明专利]一种CXCR4作为胃癌预后评估生物标志物的应用及诊断试剂盒-CN201910714889.2在审
发明人： 康亚妮;毛湛睿;张伟伟 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2019-08-02 - 公布日： 2019-12-17 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及一种CXCR4作为胃癌预后评估生物标志物的应用及诊断试剂盒，该标记物能够迅速、准确、方便地预测和评估胃癌预后，从分子水平实现了胃癌危险度的分级分期，大大提高胃癌预后检测及评估的敏感性和特异性。将不同预后程度的患者进行分类治疗，不仅能指导个体化精准治疗，而且可以节约医疗成本，具有较高的临床应用价值。
胃癌预后生物标志物诊断试剂盒分子水平临床应用医疗成本预后检测预后评估个体化标记物危险度评估分级治疗分类节约预测应用

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